据史料记载，南京国民政府主席蒋介石最初接到清东陵盗宝大案的相关报告后，认为盗陵案情举世罕见，性质极其恶劣，曾下达手令要求从速从严查处，绝不姑息养奸。于是，以国民政府委员刘人瑞为首的清东陵盗宝大案调查组，于8月10日赶到清东陵进行现场调查，带领有关人员进行现场勘查，查找到了现场遗留的盗陵作案用军队工兵用具等，并调查走访了清东陵附近的一些居民和见证人，等等。最终，国民政府调查组确认清东陵盗宝大案确系国民革命军第12军军长孙殿英亲自率部所为。至此，清东陵盗宝案已真相大白。对孙殿英恨之入骨的清室随之派人到南京和北平，向国民政府与平津卫戍司令部交涉，强烈要求重办清东陵盗宝案罪魁孙殿英。
得知清东陵盗宝大案确系孙殿英所为之后，蒋介石便迅速将查处此案的任务移交给平津卫戍司令阎锡山办理，自己则躲在南京静等着孙殿英派人上门来顺通关系。据史料记载，当时的蒋介石和阎锡山之间的明争暗斗十分激烈，他们都极力想收拢掌握一部分军队的孙殿英来为己效命，二人谁也不想向孙殿英发难。于是，蒋介石便利用国民政府主席的便利，把查处孙殿英盗陵大案当作皮球踢给了阎锡山，而老奸巨猾的阎锡山也有一套自己的安排打算，他先是批准逮捕了参与此案的孙殿英手下的一个叫谭温江的师长，而对清东陵盗宝大案首要人物孙殿英连一根毫毛也没碰。据说，当时阎锡山在与南京国民政府就此事的官方往来函电中，对盗墓部队番号以及孙殿英的名字等均讳莫如深。
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1929年6月8日，举世震惊的清东陵盗宝大案事发近一年之际，平津卫戍司令阎锡山为了应对汹涌的舆论，才下令组织军事法庭审判，审判长确定为上将商震，但迟迟审而不判，最终于6月15日将嫌疑人收押，把全案卷宗封存送往南京国民政府军政部。其实，如此的审判完全是在走过场、做样子，孙殿英始终未被列入嫌疑人，在军事法庭组成前就象没事人一样，被南京国民政府派去山东打张宗昌了，此间他又收编扩张了2万多人的兵马，越发兵强马壮了。
时间一长，孙殿英见人们的注意力逐渐从清东陵盗宝案转移开了，随便编造了一个理由找到阎锡山，声称“案发期间师长谭温江不在现场，所以根本不可能作案”。阎锡山知道这全是扯淡，但正是用孙殿英之际，也就答应了孙的要求。几天之后，谭温江出狱继续回到孙殿英手下当他的师长。至此，清东陵盗宝大案已经完全被大事化小、小事化了
其实，早在率部进入清东陵掘墓盗宝之初，生来就信奉“有钱能使磨推鬼”的孙殿英，就已经考虑到如何做好善后工作了，那就是充分发挥清东陵盗宝所获得的大量珍宝，向蒋介石、阎锡山等国民党要员打点行贿。据说，清东陵盗宝案事发后，孙殿英将乾隆颈上的108颗朝珠里取出三颗最大的送给了戴笠，一把稀世珍宝的九龙宝剑通过戴笠送给了蒋介石，慈禧枕下的那个翡翠西瓜送给了宋子文，慈禧嘴里的夜明珠送给了宋美龄，慈禧朝靴上的那两串宝石送给孔祥熙……除此之外，孙殿英还送给阎锡山价值50万元的黄金。于是，蒋介石、阎锡山等人从此谁也不再提起清东陵盗宝案的事情了。
不得不说，这件盗墓案背后有太多的利益纠葛了。