秦始皇有多少子女，秦始皇死后这些子女下落如何，几千年来，一直没有人能说清楚，见于史书有名可考的秦始皇子女只有长子扶苏，少子胡亥、公子高、公子将闾四人。有史书说秦始皇有12个儿子，史书中还有秦始皇第10个女儿被杀的记载，这样看来，秦始皇至少有儿女二三十人。据专家考证，秦始皇共有子女33人。
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秦始皇的33位子女，除胡亥在赵高、李斯合谋下篡得皇位，做了秦二世，其余32人皆死于非命。长子扶苏被篡改的遗诏赐死，胡复称帝后，怕其兄长不满而残酷杀戮他们，史书记载的有，将"六公子戮死于杜"，将十二公子杀戮于咸阳市。公子高准备逃跑，又恐家属被族，只好上书，请求为秦始皇殉葬，胡亥准其请求，公子将闾昆弟3人，被迫"拔剑自则，胡亥不仅处死了他所有的哥哥，对其姐妹也不放过，史书记载:胡亥将"十公主戮死于杜"。就这样，胡亥为保住自己的皇垃，残酷地杀害了自己众多的兄长姐妹。
而胡亥的儿子子婴被项羽杀了。项羽入咸阳后:“杀子婴及秦诸公子宗族。
在乱军之中也许有个别子弟逃出改名换姓(历史没有记载只是一种可能)但是多数都不在了。
“秦朝末年秦始皇的儿子胡亥和扶苏的部分子孙迁居到朝鲜，后来他们再由朝鲜迁到日本，此时他们已改姓“秦”。到日本的初期他们中有人掌管日本朝廷的出纳工作并且为天皇养蚕织绢，天皇赐姓、叫其中一部分人改姓“太秦公”。雄略天皇执政时期(公元456-479年)，姓秦的秦始皇的后代在当时日本京城的人口中占了92部，总共18670人，到日本钦明元年(公元540年)时在京都繁衍到了7053户、35000人左右。
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现在日本京都附近的太秦就是日本秦氏的初居地。到九世纪时，日本秦氏已分支成太秦公、秦、秦冠、河内秦、山城秦等15个姓氏，到现在，日本秦氏已分化出总共44个姓。明治维新时日本政府要求所有的日本人都必须有姓(此前很多的日本百姓没有姓、没有学名大名、只有小名)并且强迫部分秦始皇的后代改姓羽田、波多等姓，京都的秦氏家庙(祠堂)及有关的历史文献遭到破坏(家谱就是一种历史文献)
下面列举一部分日本秦氏后人所拥有的姓：
秦内、太秦公(秦始皇三世孙孝武王的后代，日本天皇先后赐封秦始皇的后代中的几个人为孝武王、男功满王、男融通王……)、秦公(姓这个姓的人是秦始皇帝孙“孝德王”的后代)、秦长连、秦野、秦井、秦多、秦当、秦佐、秦冠、秦前、秦党、秦原、秦小宅、已智、三林、长冈、…
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秦氏后人中在日本比较著名的有：
1、秦野章(姓“秦野”)：80年代初中曾根任首相时他任法务大臣;
2、秦真次：昭和时期(就是裕仁当天皇时)曾当过陆军中将，福冈县人
3、秦朝元：恒武天皇时的重臣 藤原种继的岳父，权倾朝野。”
1994年4月当选的日本首相羽田孜上任前，公开承认他是中国第一个皇帝秦始皇的后裔。这使包括日本人在内的许多人十分震惊。他说他的祖先姓秦，在200年前才改为“羽田”，在日语中，秦字与羽田发音相同。