李自成逃禅石门夹山一说，流传极广。湖南省的石门县古称澧阳，又称澧州。据清代乾隆年间的《澧州志林》所收澧州知州何的《李自成传》一文称，李自成兵败，独窜石门之夹山为僧，法名奉天玉和尚。文中所指夹山即夹山寺，该寺位于石门县东15公里的三板桥，是一座唐代古刹，也就是本文一开始讲到的那个地方。寺内遗有与此说相关的一些碑记塔铭、诗文残板，以及奉天玉和尚的骨片和包括宫廷玉器在内的许多遗物，包括在1980年的考古发掘中发现的诸多文物。这些无疑构成了此说的有力佐证。
何的说法也是有关“闯王”出家的最早记载。据言，何曾到夹山进行考察，见到了一位服侍过奉天玉和尚的、口音像陕西人的70岁老和尚，他告诉何，奉天玉和尚是顺治初年来寺的，并取出其画像。据说画上人酷似史书所记李自成的模样。有人根据李自成曾自称“奉天倡义大元帅”，后又称“新顺王”，断定“奉天玉”即“奉天王”多一点，是为隐讳。而奉天玉和尚墓葬中发现的骨灰和砖刻《塔铭》，墓葬中，其弟子野拂所撰碑文及有关文物，都与何之文相印证。据持此说法的人推测，“野拂”就是李过，李过就是李自成的亲侄儿李锦，由此可证，被野拂精心侍奉的奉天玉和尚就是李自成。在夹山寺里还发现了记述奉天玉和尚《重修夹山灵泉禅院功德碑》(康熙碑)和《重修夹山灵泉寺碑坛》(道光碑)及密藏墙洞的《支那撰述》、咏梅残版和野拂撰文残碑、野拂墓碑、闯王令牌、临澧蒋家传世文物、6枚“永昌通宝”铜币、7个“西安王”铜马铃，更有夹山寺地道地宫密室发现的石雕龟形敕印。敕与诏一样，都只有君王才能使用，一般人是不能用敕和诏的。敕印与奉天玉诏这一切似乎进一步证实了奉天玉和尚就是李自成本人的事实。
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至于阿济格未能取得李自成首级的原因，大约是由于时间相隔稍久，农历五月以后南方天气已相当炎热，“尸朽莫辨”也是完全可能的。上引康熙《通山县志》记载大顺军在领袖牺牲后曾对当地的地主武装实行报复性打击，杀了几千人。而清政府真正弄清楚李自成被害的具体情节，还是在顺治二年(1645)七月十五日江西湖广等八省总督佟养和上任后，“有至武昌出首者，行查到县”，才找到杀害李自成的凶手程九伯。阿济格向清廷奏报的时候还没有找到这个线索，他派去实地查验的人在几千具朽尸当中瞎转，无法取得实证就毫不足怪了。
总之“闯王”李自成是中国历史上一位千古少有的传奇英雄，他发动和长期坚持的大规模的农民战争，推翻了盛极一时的明王朝，但他却败在关外新兴的北方少数民族--满族所建立的清廷之下。无论是失误也好，即使有天生缺憾也罢，由于当世、后世都对于这次起义和与这次起义有关的历史资料的禁毁，致使我们今天对李自成一生中的许多问题已不可能充分地了解了。因此关于李自成失败后，直到最后归宿的疑案，至今也同样真相难明，虽然各方面各执一词，但诸多的记载与传说，还是有待于进一步去澄清和发现。
李自成处在几方势力的纠葛中，于明于清似乎他都不得不死，也好让出师之人有了回复主子的理由，否则无法向各自的主子证明大顺已去，平叛成功。然而，就是在这样的情势之下，他仍存在不死的可能性。明清两方派出的平叛大军都急于向主子结案，他的军队被灭就是一个绝大的战绩，无法东山再起也可以说就等于李自成已死。这样，也就可以给出李自成出家的机会，事实上，也只有出家才符合情理。其实，被杀也好，出家也好，李自成以一介平民出身，肩扛反明大旗，且能进京称帝，已然令人惊叹。可惜，他这个皇帝只当了14天。