1645年，宁南侯左良玉称奉太子密诏，入诛奸臣马士英以清君侧，起于武昌，进逼南京。时清军迅速南下，连续破徐州，渡淮河，兵临扬州城下。1645年四月二十五日，由于史可法毫无作为，而使得扬州轻松被八旗兵攻克，导致了扬州老百姓白白被屠戮而不是像江阴老百姓那样在阎应元的带领下抵抗而死，死得其所也有价值。
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朱由崧对自己直系祖宗朱棣的政敌如此，对自己的反对者也很宽容。登上帝位，朱由崧靠的是四镇及马士英之力。当初反对自己而力主立潞王的，是姜曰广、吕大器、张慎言、钱谦益、史可法等一批东林党人，这几个人中现在找几个杀杀，那也是早有前朝旧例的。但朱由崧对他们不仅未加谴责，反而提拔重用。他们能当弘光朝大官，自己的机灵是假的，领导的厚道才是真的。