明太祖朱元璋死后,燕王朱棣于建文元年(1399年)以“清君侧之恶”的名义举兵反抗朝廷，至建文四年朱棣由燕王荣登皇位而结束，历时4年。就在朱棣攻入南京时，皇宫已是一片大火，建文帝下落不明。此后，有关惠帝已经出逃的传闻颇多，明成祖对此总是不放心，这件事也几乎成为他的一块心病。数百年来，建文帝的下落也是一桩争讼不决的历史悬案。综合各家说法，主要有“焚死”说和“逃亡”说两种。
一种说法认为建文帝是自焚而死的。
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民间传言中，在许多地方都有建文帝的踪迹与传说。有的说建文帝先逃到云贵地区，后来又辗转到了南洋一带，直到现在，云南大理仍有人以惠帝(建文帝)为鼻祖。
也有现代学者认为，当年建文帝潜逃后，曾藏于江苏吴县鼋山普济寺内，接着隐匿于穹窿山皇驾庵，于永乐二十一年(公元1423年)在此病亡，埋于庵后小山坡上。至于建文帝的下落到底如何，以上两种说法都无法给出令人满意的答案。