谙熟中国政治的美国学者李侃如(Kenneth Lieberthal)指出：“中国的政治体制中充满了尚未成为制度的组织。”在王安石变法初期，也有一个仅存16个月的制置三司条例司，正是这样尚未成为制度的组织。关于它的创设，在推崇变法的传统语境下，往往不吝赞词而高度肯定。但倘若结合宋代君主政体转向内在的动态进程，制置三司条例司的是非得失，以及由此引起的负面异动，似有重加考量的必要。
一
宋神宗即位之际，变法与改革已成君主与士大夫官僚的共识。借用余英時的说法，宋神宗以“一个少年皇帝一心一意在追寻重新塑造世界的伟大构想”(《朱熹的历史世界》238页，下引此书仅注页码)。他先寄望于元老大臣，收获的却是“安内为先”、“信赏必罚”之类空泛的告诫;失望之余，越发赞赏王安石的经世致用，期望与他共成一代治业。
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变法之初，包括三司条例司的运作上，为争取变法支持者，王安石做过努力与尝试，例如吸纳苏辙、程颢进入条例司。据朱熹说，“荆公(王安石)当时与申公(指吕公著)极相好，新法亦皆商量来，故行新法时，甚望申公相助，又用明道(指程颢)作条例司，皆是望诸贤之助。”但苏辙出任条例司检详文字不久，就与新法派“商量公事，动皆不合”，便以自己“固执偏见，虽欲自效，其势无由”，向皇帝主动请辞。宋神宗考虑让苏轼取代其弟，王安石明确反对，说苏家兄弟“好生异论，以阻成事”。正是有鉴于条例司若不能统一发声，必将严重削弱其总枢纽的功能，王安石开始摒除有异议者入选条例司。在陈升之迁居相位拒绝同领后，王安石改让其盟友枢密副使韩绛同领，确保自己能继续掌控这一机构。据张戬弹劾，自此以后，条例司“左右徇从，安石与为死党”。张戬的话，虽有强烈的偏见，但王安石为确保变法总部指挥如意，“所建议惟门生属吏而已”，排斥异见的用人倾向确也无可否认。
作为坚定的改革家，为减少变革阻力，顺利推进新法，王安石把坚定的盟友安排进变法总部，就其初衷而言，似也无可厚非。在条例司的实际运作中，王安石还往往凭借“得君行道”的特许，轻而易举地绕过既定的程序。且举苏辙亲历的证据。有一次，王安石召吕惠卿与苏辙等会食私第，拿出一卷文书交待说：“这是青苗法，你们看看，有问题可以提出来详议，不要对他人说起。”这种在私第处理国事的做法，肯定有违宋代典制。正如余英時所说：“神宗的变法热忱及其最初对王安石的无限信任才是后者取得非常相权的根据”;“神宗与王安石是在变法的共同理想上结合在一起的。但理想一落到权力的世界，很快便会发生种种难以预测的变化。