据现存史料记载，李莲英1911年因病而终。关于他的死因，主要有三种说法，不过，经过仔细推敲，这些说法都各有漏洞。
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《李氏家谱》中对李的离世是这样的记载：“……六十一岁传奉龙裔上宾，百日孝满出宫养老南花园，六十四岁卒于辛亥二月初四日亥时，距生于戊申十月十七日辰时。”
中国人历来讲究的是全尸，更何况是两朝的权势人物。然而令人不解的是，李莲英为何身首异处，为何只有头骨葬入陵寝?就此疑问，后人至今也没能做出合理解释。
