明太祖朱元璋有二十六个儿子，他因自己出身卑微，当上皇帝后，生怕那些开国元勋“尾大不掉”，将长子立为太子，九子、二十六子早死，其余二十三个儿子都封王建藩。燕王朱棣、晋王朱?、宁王朱权等率兵驻守北方，抵御蒙古;周王朱、齐王朱榑等驻于内地各省，监督地方官吏。朱元璋规定，如遇奸臣专权，藩王可以声讨奸臣，甚至可以发兵“清君侧”。他的本意是企图用皇室亲戚来维护皇权，殊不知事与愿违。
皇位理应由朱允炆的父亲朱标继承，朱标作为长子，早就被立为太子。可惜他英年早逝，死于洪武二十五年(1392年)，朱元璋按照嫡长子继承的原则，把长孙朱允炆立为皇储。
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假如建文帝不“自焚”，也必死无疑。事实上朱棣上台后，对建文帝的亲信大臣如齐泰、黄子澄、方孝孺等，展开了一场又一场大屠杀，被人称为“瓜蔓抄”。其残酷的程度可与乃父朱元璋惩处胡惟庸、蓝玉党案相媲美。
明末文坛领袖钱谦益的《有学集》中有一篇《建文年谱序》，这样写道：他在史局(国史馆)工作三十余年，博览群书，唯独对于“建文逊国”(官方对于朱棣夺取帝位的一种标准宣传口径)一事，搞不清楚，而伤心落泪。原因有三：一是《实录》无征，二是传闻异辞，三是伪史杂出。因此他称赞赵士喆所编《建文年谱》，荟萃诸家记录，再现真相，感人至深，“读未终卷，泪流臆而涕渍纸”。可见从明初到明末，始终有人在探求建文帝的生死之谜。