因为沙漠中资源匮乏，大多就成了人迹罕至之地，因此发生在沙漠中的很多事也就更加难以找到答案了。
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一、沙漠宝石 科学家对图坦卡蒙法老的圣甲虫宝石颇感兴趣，认为它形成时间早于埃及文明。他们猜测这种绚丽宝石可能形成于撒哈拉沙漠陨星碰撞或者陨星空中爆炸，但由于未在撒哈拉沙漠发现任何碰撞陨坑，从而认为陨星在地球大气层爆炸的可能性较大，火球使撒哈拉沙粒温度达到1.8万摄氏度，最终融化成神秘晶体。
二、神秘蜘蛛艺术 埃及西部沙漠发现破损的蜘蛛艺术品碎片，卢克索西部175公里处赫迦绿洲一块砂岩上描述着神秘古老的蜘蛛岩石艺术，在黎明时分，可以看到岩石上的绘画类似于蜘蛛网和蜘蛛，甚至诱捕的猎物。埃及古物学家认为，这些远古蜘蛛艺术的历史可追溯至公元前4千年，甚至早于史前文明。
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三、纳布塔普拉雅石阵 位于撒哈拉沙漠的纳布塔普拉雅石阵(Nabta Playa)历史甚至比史前巨石阵早1000多年，该石阵包含着竖立和平置的石柱，这些石柱重量达到数吨，一些高度达到2.7米。考古学家认为是 6000-6500年前未知石器时代人类建造的，可能是迄今最古老的天文测算巨石结构。
四、皮斯科洞 由于秘鲁皮斯科洞邻近纳斯卡线条，其知名度并不高，皮斯科洞位于秘鲁皮斯科峡谷沙漠干旱地区，是数千个锥形洞结构，迄今为止考古学家并不知道是何人建造的。一些理论认为，这是某些神秘古代居民建造的粮仓或者坟墓，但事实上它的深度达到两米，不太可能用于存储食物或者掩埋尸体。
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五、阿塔卡马沙漠硝酸盐 达尔文曾称阿塔卡马沙漠是一个“什么都不存在的地方”，这个南美沙漠被认为是地球上最干旱的地区，但是这里拥有世界上数量最多的硝酸盐和碘沉积物。可能的解释是这些矿物质与太平洋延伸50公里有关，大气氮通过结合土壤和盐，转变成为硝酸盐;本地山脉上升时，远古富含矿物质的水涌至地表。
六、仙女圈 纳米比亚沙漠分布着数百万个圆圈状结构，其边缘分布着高度至膝盖的草，但是圆圈中心却是光秃秃的。多年以来，科学家对此迷惑不解，曾有多种解释理论白蚁吞食营养物质所致;斑马等动物的栖息地;有毒植物和真菌杀死圆圈中的植物等。目前最新研究认为，神秘沙漠仙女圈是植被争夺营养物质的结果。