朱元璋死后，给后人留下了两个谜团，其一是朱元璋准确的死亡时间，其二是死后到底葬在了何处，这两个问题至今仍没有定论。
有关朱元璋的死亡准确时间，有各种说法，一是洪武三十一年(1398年)闰五月初九，一说是闰五月初五，还有说是闰五月初七。就连《明史·惠帝本纪》也是这样记载：“三十一年闰五月太祖崩。”只是说朱元璋是闰五月死的，而哪一天没说。
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1998年开始，江苏省地震局地震工程研究院的专家在宝城内，采用无损磁测法(GPM技术)，已经明确发现在宝顶地下深处有一个面积达数千平方米的建筑空间，而且还找到了进入这个空间长达百米的通道走向和入口，无疑宝顶下存在的这个巨大建筑空间只能是明孝陵的地宫，而地宫的入口就在明楼东侧十几米处的宝城城墙下面。
但这并不能证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等到开挖明孝陵的那一天才能最终揭开。也就是说，朱元璋到底葬在那里，在相当长一段时间内，仍将是一个谜。