挖掘明定陵前，按照吴炳荣的计划是先挖掘长陵，但是像吴炳荣这样的专业历史学家和考古专家长陵挖了好几天后，发现入口没找到，二，而且长陵地宫外的建筑和泥土太坚硬，对于挖掘工作困难重重，最后吴炳荣改挖明定陵。
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1966年，明定陵被当做“牛鬼蛇神”批斗，万历皇帝及两位皇后的尸骨被焚。3口由上等金丝楠木制成的巨大红漆棺椁，本身质地坚固，虽然历经几百年，仍然完好无损，但也被扔至宝城之外的山沟中。
明定陵的挖掘不仅造成无数珍宝腐化，还让万历帝及皇后尸骨无存，成为我国“最遗憾的考古挖掘”和“考古第一惨痛教训”。