1645年5月，已经丧失了所有地盘的李自成在湖北通山被杀。李自成的死亡非常突然，是死于地方武装之手。由于对继承人的问题没有任何的安排，以至于此时剩下的东西两路农民军立刻陷入群龙无首的局面。农民军的二号人物刘宗敏被杀、谋士牛金星投降，更是将这支队伍的凝聚力击得粉碎。此时这些农民军成了没娘的孩子，而明清两大集团对这些农民军力量的拉拢也正式开始了。
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在南明的历史中，有用的小人和无用的君子这对矛盾体一再出现。1646年7月，湖北的清军主力撤回了北方。何腾蛟决定再次进攻湖北。只可惜行进中的明军只遭到了几百清军骑兵的袭击，就开始疯狂的撤退，他们以为清军主力已到。1647年2月，满清方面为了解决湖南的明军，派出孔有德率兵进攻湖南。孔有德率领的军队大多是都是明朝的厢军，只有30%左右的满洲兵。当时长沙的防御不足，王进才这个原来的农民军首领保护何腾蛟拼死杀出重围，随后撤王衡州。截止当年8月，除了南部的一些城市还在明军的控制之外，湖南北部、中部地区相继沦陷。从1645年开始的两年时间里，本来抓了一手好牌的何腾蛟却输了个底朝天。不但没有收复湖北，反而连湖南老家都赔进去了。