徐福东渡一事，最早出现于司马迁的《史记》。据《史记·秦始皇本纪》记载:秦始皇二十八年(公元前219年)，“齐人徐福等上书，言海中有三神山，名曰蓬莱、方丈、瀛洲，仙人居之。请得斋戒，与童男女求之，于是遣徐福发童男女数千人，入海求仙人。”
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秦始皇统一天下只有十二年的时间，但是四次到东方沿海巡视，这说明他对东方诸岛的极大关注。有的学者说:“始皇东巡的根本目的在于实现东至扶木的理想，而徐福探海东渡正是实现始皇理想宏愿的具体行动。”秦始皇曾琅琊刻石中说:“普天之下，抟心揖志。器械一量，同书文字。日月所照，舟舆所载。皆终其命，莫不得意。”又说:“西涉流沙，南尽北户。东有东海，北过大夏，人迹所至，无不臣者。”从中可以看出，秦始皇早有吞并日本之意，徐福东渡，或许正与此有关。
疑团之三，徐福的船队从哪里启航?关于这一点的主要说法有:河北省的秦皇岛和黄骅附近说，浙江省慈溪和舟山说，江苏省海州一带(现在的连云港赣榆县)说，山东省登州湾(龙口市黄县)及胶州湾徐山(青岛)琅琊、成山头说。
对于河北盐山县出海说的说法，持这一观点的人认为徐福入海确有其事，无棣沟入海处即徐福入海处，至今犹存的古秦台旧址就是见证。公元前219年(秦始皇二十八年)，秦始皇东巡至琅琊，徐福第一次请求入海。因入海地点选择不当，中途受阻而归。公元前210年(秦始皇三十七年)，秦始皇再次来到琅琊，徐福请求再次入海。他根据秦始皇的旨意，更换了出海地点，在原齐国旧地饶安(今盐山县旧县镇)，经无棣沟入海。这次东渡到达日本一直未归。
然而，最有可能的一种是琅琊出海说。徐福的渡海求仙，与琅琊的关系最为密切。秦始皇巡视天下曾三临琅琊，其间两次召见徐福。由于他上书地点在琅琊，其出海准备工作和入海地点自然就是琅琊。《史记》这样记载，“(秦始皇巡幸江南)，还过吴，从江乘渡，并海上，北至琅琊。方士徐福等入海求神药，数岁不得，费多，恐谴，乃诈曰:‘蓬莱药可得，然常为大鲛鱼所苦，故不得至，愿请善射与俱，见则以连弩射之’。始皇梦与海神战，如人状。问占梦，博士曰:‘水神不可见，以大鱼蛟龙为候。今上祷祠备谨，而有此恶神，当除去，而善神可致’。乃令入海者赍捕巨鱼具，而自以连弩候大鱼出射之。自琅琊北至荣成山，弗见，至之罘，见巨鱼，射杀一鱼，遂并海西。至平原津而病。”司马迁明确的指出，秦始皇与徐福自琅琊启航北上，绕成山至之罘，射杀一巨鱼后，秦始皇返回至平原津而病，不日逝世。而徐福则自之罘射巨鱼后即远航异域，从中可以看到，徐福船队的启航港应是琅琊港。
迄今为止，仍有众多有关徐福的疑谜无法作出肯定或否定的结论。大海茫茫，徐福东渡之迷，遂成千古悬案。