曹操杀华佗，似乎自断后路，所以后人多有疑者。《三国演义》的作者，是反曹派的大将，他写到曹操的儿子及自己生病，悔杀华佗时，得意之色，纸不能掩。不过我们知道，《三国演义》里的许多故事都是杜撰的，比如关羽刮骨疗毒，这个事是有的，但不是华佗所为。
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华佗是士人出身，后以医术立身，那在当时是贱业，他的心里，是不愉快的。他的脾气坏，不会取悦于人，在都中住了些年，便生归意。他找了个托辞，回到家里，曹操召了他几次，他也不出来，说妻子生病了，无法就道。曹操派人前去看验，若华佗的妻子果然生病，便赐小豆四十斛，若是假病，就抓到狱里。不知是他的妻子果然没有生病，或使者倾害，华佗被捉到许昌拷问，一代名医，就这么死在狱中。
古书里说华佗能剖开人腹，湔洗胃肠，在今天看来，很难相信。他的麻沸散，处方没有传下来，后人考证，里面或有曼陀罗花。但即使有曼陀罗，再加上酒的作用，能使人在刀割肚子时昏无所觉，也是无法想象的。不过，虽然有夸大其辞的成分，华佗大约确曾发明一种麻醉的办法，减少手术时病人的痛苦，可惜我们已不知其详，因为华佗的医书，一本也没有传下来。后来托名华佗的书有上百种，都是后人伪托。