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另一个理论指出,米诺斯的航海能力因为锡拉火山的喷发而遭到重创。这可能间接导致了迈锡尼的入侵,而后者的管理技能无法维持一个贸易王国。锡拉火山的喷发对米诺斯文明的影响仍旧在争议中。既然锡拉火山的喷发可能是近10000年间最猛烈的一次,考古学家和地质学家质问为何在根据碳同位素测定出的喷发的时间(根据狐尾松测定为前1628年,根据格陵兰冰层为前1645年)和迈诺安文明灭亡的时间(约前1450年)间有如此大的间隔。这个间隔激起了全世界许多学者的兴趣,而越来越多的证据和理论被提出,试图解释米诺斯文明衰落这个谜团。
这些理论都围绕着锡拉火山的爆发展开。作为贸易中心的克里特的稳定与它的航海能力息息相关。这次喷发如今被定级为VEI-7,如此大的能量足以引发巨大的海啸,吞噬周围岛屿的一切港口和船只,从而给克里特经济带来重创。而另一大理论认为爆发引发的火山灰遮蔽了太阳,导致持续数年的饥荒。而迈锡尼人利用这个时机进攻并征服了克里特岛。