日军通过这些在美国被禁止的研究方式获得的细菌战资料对美国军方和科学家有着特殊的吸引力。因此，美军迫切想获得日军细菌战情报，以了解其研究水平和进展。美军占领日本后，迅速通过各种途径找到了不少日军细菌战部队的专家和将领，特别是1946年1月美军情报部门发现并拘留了731部队的负责人石井四郎。美军随即“对石井进行了为期7周的秘密讯问”，在这7周当中，美军还对另外20多名石井的亲信人物(包括一些军医)进行了审讯。
731部队罪行
但是美军的审讯进展并不顺利，没有获得多少有价值的情报。因为日军在战败前烧毁和藏匿了细菌战部队的所有材料，同时命令所有的参与者要对所见所闻的事实和自己曾是细菌战部队成员的身份绝对保密，因此美军很难获得有价值的实物证据和口供。同时，由于害怕被审判，石井等虽然承认了731部队的存在，但完全否认做过人体实验以及在实战中使用过细菌武器。
增田知贞、北野政次等日本细菌战部队其他核心人员在接受审讯时也都装作一无所知。对此美方情报人员报告说：“从不同审问对象所获得的情报大同小异。在调查中，没有发现日军在该领域进行研究开发的任何文字证据。接受当面调查的对象异口同声说因为有关文件都是绝密，因此已按照陆军的命令全部予以销毁。所以，获得的情报只是被调查者的记忆所及。”这种情况让美国情报部门非常头疼。
731部队罪行
石井四郎等人以细菌战情报为筹码与美国博弈，要求赦免其罪责石井四郎等人之所以不愿意配合美军的审讯，一方面是“因惧怕被定为‘战争罪犯’而提供不完全的情报，以逃避责任”，另一方面石井等也非常清楚美军对这些情报的渴求以及自己对美军的价值，因此他们想用自己所掌控的细菌战情报跟美军讨价还价，使得主导东京审判的美国帮他们“免罪”，保他们逃脱惩罚。他们用以下方式与美军情报人员进行周旋：
方式一：吊足美军胃口。石井等人在当面否认进行过人体研究和细菌战实战，却私下通过参与美军审讯的日本翻译龟井贯一郎向美军情报官员暗示：“除了已供认的以外，还有很多攻击性武器的细菌实验和开发，在中国内陆曾对中国军队进行过细菌战实战试验，这是毫无疑问的。而且不只是石井部队一个部队而是有一群部队进行了人体实验并取得了成果。”这样一方面会让美军情报部门因为他们的价值舍不得将他们送到国际法庭，保证他们的安全，另一方面也会刺激美军获得情报的欲望。
方式二：石井四郎、增田知贞等731部队核心人员向美军审讯人员提出要“免除战争犯罪的书面保证”：“我们愿意合作……但是我们对我们的朋友也负有义务，我们曾宣誓永不泄露人体实验的秘密，我们担心我们中有些人会被作为战争罪犯起诉。如果你能向我们提供书面豁免保证的话，也许我们能弄到所有的情报。”同时日本翻译龟井也帮腔说：必须让这些“掌握详尽实验结果的人确信你的调查是出自纯科学的目的(也即确保日本人的证言不是被用于战争犯罪审判)，我相信这样你会得到更多的情报”。龟井还告诫美方人员说：由于所有与细菌战有关的人都已宣誓不能泄密，“你将不得不克服那个障碍……除非提供豁免，否则将不会得到什么情报。”
731部队罪行
方式三：为了迫使美国同意赦免细菌战研究者的战争罪责，日本人还打出了苏联牌。当时冷战已经开始，他们非常清楚美军对苏联的敌对情绪，因此增田知贞曾语带威胁地向美军审讯者表示：“如果我们与某个共产主义分子联系的话，他有可能告诉苏联人”。龟井也暗示美军说：“日本人相信如果他们披露这些(攻击性细菌武器)情报，共产主义分子会发现，写信给盟军最高司令部，告诉苏联人，引起舆论，迫使调查公开……日本人倾向认为保持沉默是最明智的”。因此龟井建议美军将对细菌战知道最多的人“转移到美国本土”保护起来。
方式四：石井对美军审讯采取拖延和敷衍方式，以迫使急于获得全部情报的美军审讯人员答应帮其免罪。他一方面表示无法向美国人提供详尽的技术资料，因为731部队所有记录都已销毁了，而且他从来也“不了解那么多的细节，许多知道的也已忘记”，并声称他根本就不知道细菌战实战试验。另一方面，在适当的时候，他又表示：“如果你们书面同意赦免我、我的上司、部下的全部责任，我将会把我知道的一切情报提供出来。”他同时表示“愿意被美国雇佣为细菌战专家……在准备与俄国人进行战争时，我可以提供我20年以来的研究和经验，我曾在实施和防御细菌战的战术问题上提出过许多设想，可以写出几部关于细菌战的书”。
就这样，美国为了自己的利益，最终放弃驳回了国民党代表的正当合理要求，日本战犯没有得到应有的惩罚!