历史上，大报恩寺曾经过多次重修复建。如康熙三年五月，即重建过寺的正殿，塔也多次修葺。近二十年来，南京一直计划恢复这个标志性建筑，重建大报恩寺塔。据方案主持东南大学古建筑专家潘谷西先生介绍，不是在原址，而是在原址的西侧建塔。从朱棣决定兴建塔，到现在重建，大报恩寺塔身上留下了太多的谜团。
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谜团之一：朱棣建塔到底是想报谁之恩？
史书上讲得很清楚，朱棣为报母亲的养育之恩而建。但具体谁是他的母亲，这里就很有学问了。近来出版的学术着作似乎为此事定了论，“明成祖朱棣为纪念其生母碽妃而建”。如中国古建筑权威潘谷西先生主编的《中国古代建筑史·元明卷》(第四卷)就持有这种观点，不久前笔者去拜访潘先生时，他还是这样说。但历史就是这么回事情，各种说法一多，特别是大家都说碽妃是朱棣生母，事情就复杂了，这个报恩寺塔为谁而建，真相便难辨了。实际上，在朱元璋当皇帝时，工部侍郎黄立恭奏请修葺，但因为国力问题，一直未能动工。这样，一直拖到朱棣迁都北京时，方准。从这里也可以看出，朱棣借建塔“扬先皇太后之德”是有道理的。
谜团之二：为何选址于浪漫的长干里？
大报恩寺塔的具体地点在南京城南的东长干里，现今的雨花路东侧，这个地方是中国的古典浪漫所在。唐代大诗人李白诗歌《长干行》里有名句：“郎骑竹马来，绕床弄青梅。同居长干里，两小无嫌猜。”“青梅竹马”、“两小无猜”的故事就发生于此。民间有传说，早年这里有“异气”。在朱棣建塔前，这里曾有阿育王佛塔。崇佛的梁武帝萧衍，于大同八年(公元543年)对塔作了改造，复建长干寺，易名长干塔。宋天禧年间，又改为天禧寺，后建圣感塔。元至元年间，再改为天禧慈恩旌忠寺，元末塔毁。
梁武帝为什么要复建长干寺？其在《幸阿育王赦诏》中称，时出现了异常天象，“月犯五车，老人星见”。在塔建好后，顿现祥光。有诗“长干塔”称：“十丈祥光起相轮，铁浮屠镇法王坟；只愁西域神僧至，夜捧长干刹入云。”阿育王即铁轮王，传说曾于一日一夜间，役鬼神造了八万四千塔，此塔即是其中之一。此塔在梁武帝改造前，曾经多次重建。但自塔成后，这里就出现异气，成为佛门宝地。顺便交代一下，2008年8月，因南京重建大报恩寺塔，“长干塔”的地宫被当作大报恩寺地宫而意外被发现，出土了一只高达1.3米的大铁函。
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铁函内发现了一座金光闪闪的鎏金七宝阿育王塔的塔刹部分。朱棣把报恩寺塔选择在此，是否是这种考虑呢？这里也有一个传说，朱棣“靖难起兵”前曾向马皇后发誓，如果当上皇帝后，便建一寺塔报答。在兵渡长江时，江中忽然涌出一座宝塔，朱棣一惊，忽然想起了起事前的誓言。在当了皇帝后第二天，出现了一起怪事，天禧寺突然发生了一场大火灾。有人报信给朱棣，朱棣听说后让人不要救火，结果大火把寺烧得一干二净。火灭后，朱棣命人把寺址上所有的灰烬杂物全部铲净，扔到长江里，在原址重新建寺建塔——此即大报恩寺和大报恩寺塔。
从朱棣亲自拟就的《御制大报恩寺左碑》看，朱棣的想法里还是考虑到这里“佛缘”的。“辉焕一新，重造浮图，高壮坚丽，度越前代，更名为‘大报恩寺’，所以只灵迎贶，上资福于皇考皇妣……”此后，大报恩寺塔也是异象不断。如明孝宗朱佑樘去世后，17岁的朱厚照当了皇帝。朱厚照当皇帝头一年(公元1506年)，多年平安无事的大报恩寺塔出问题了，让雷击坏了。时朝臣建议立即予以大修，但此建议遭到反对，有人认为这是不祥征兆，有警告新皇帝的天意。《明史·曾鉴传》(卷185)记载了此事：“正德元年，雷震南京报恩寺塔，守备中官傅容请修之。鉴言天心示儆，不宜重兴土木以劳民力，乃止。”
谜团之三：囚犯参加修建报恩寺了吗？
报恩寺、塔的建设周期很长，工程量惊人，前后花了19年时间(一说16年)。朱棣在生前并没有看到此塔的建成，未报成恩，至他北征途中意外病死时，仍没有建好，一直到他孙子朱瞻基当皇帝的宣德六年(一说宣德三年)才完工。这么大的工程，需要的人力非同一般，据说共有十万人参与了建设。那么人都是从哪来的？一般说法是“征集军匠夫役”，即主要是两种人，一是士卒，二是民工。从《明史》所透露的情况看，在现场的士卒确实有不少，但不一定是劳力，而是维持劳动秩序和安全保卫事务的。这么多士卒在施工现场就有疑问了，难道怕工人跑了？民间传说，还真就是这么一回事情——报恩寺、塔为犯人所建。
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谜团之四：建塔匠人后来“绝种”了？
大报恩寺塔在中国古建筑史上有自己独特的地位，素有“中国之大古董，永乐之大窑器”的美誉。大报恩寺塔其美在塔形，平面八角，高九层；塔的覆瓦和拱门都用五色琉璃构件，塔共用2000两黄金做成。飞马、飞羊、狮子、白象等图案，生动美观。全塔共悬挂风铃152个，塔内置油灯146盏，日夜通明，名为“长明灯”，每昼夜耗油达64斤。大报恩寺塔贵在建筑所用琉璃构件。琉璃，其实就是陶瓷技术中的一种。但建塔琉璃的烧造有独特的方法。
琉璃在中国古代文献上有多种名称，如“璆琳”、“琉璃”、“陆离”、“青金石”、“青玉”、“颇黎”、“玻璃”等，早期的琉璃泛指自然宝石或人造宝石、玻璃、陶胎铅釉制品等三种物质，元明以来，琉璃特指陶胎铅釉制品。琉璃以陶土为胎，经1200℃上下的高温烧制后，表面涂刷铅釉，再经800℃左右的低温烧制方成，属低温色釉。其以氧化铅或硝为助熔剂，以铁、铜、钴、锰的氧化物为着色剂，再配以石英制成。但具体怎么做，都使用了什么配方？据说失传了。
报恩寺塔的琉璃匠人都来自外地，以山西为多。烧造工艺失传可能与中国传统工艺的传承方式有关。有关琉璃的烧制技术，尤其是釉色配方秘不外传。过去琉璃制作都是匠人世代相传或师徒相承，素有“父传子、子传孙，琉璃不传外姓人”和“传子不传女”的习俗，年代久远，技术难免失传。还有一种往往被人忽视的原因，琉璃烧造工艺配方中含有可提高彩釉融流性和光亮度的元素铅，有很强的毒性。那些世代从事琉璃烧造的家族成员中，多因铅中毒而短寿，甚至不能生育子女，直接“绝种”，这在客观上导致了琉璃工艺的失传。