关于李莲英之死，野史语焉不详，以“病故”，“及死去”言之。1908年10月，慈禧太后去世，据《李氏家谱》载:“百日孝满，出宫养老。”李莲英搬进北京棉花胡同家中，整日吃斋念佛，闭门不出。3年后，李莲英去世。据李家后人之说，李莲英是病死的，病因是痢疾不治，得病后三四天即殁。但是，清史档案和墓志铭，则用了一个“殒”字，模棱两可。直到近几十年，才峰回路转，引出大段公案。
1966年初夏，原北京“六一”学校的赵广智等老师，在革命造反派的监督之下，挖开了原清朝恩济庄太监坟地(恩济庄太监坟地之名为雍正所赐，当年皇帝曾拨银万两修建，据说该坟地所埋太监共有2700余人)中的李莲英墓。令人吃惊的是，李莲英棺椁里只有一颗骷髅头，却不见尸骨。只有头骨而没有尸身的李莲英，不可能是病死的。唯一的原因，他可能死于“他杀”。
网络配图
有学者考据说，江朝宗宣统二年正在陕西汉中镇总兵任上，直到1912年才回北京担任北洋政府北京卫戍司令。江朝宗远在几千里之外，并不在所谓的“九门提督”任上，怎么可能请李莲英吃饭并设局杀之呢?同时，也有人认为，小德张同李莲英，并没有共过事，两人没有利害冲突，杀人动机不存在。
三是在去山东讨债途中被悍匪所杀。这一观点，也被无数专家质疑。以李莲英的财富地位，他怎么可能亲自出门讨要债务呢?