秦始皇建政，视天下为刍狗，荒淫暴虐，民不聊生。特别是“焚书”事件，引起了读书人的强烈不满。有两个儒生，一个姓侯，一个姓卢，《史记》称之为侯生、卢生。这两个人私下议论说：“始皇为人，天性刚戾自用，灭诸侯，并天下，意得欲从，于是便自以为自古以来的圣贤谁也比不上他。他高高在上，听不到批评之声，日益骄横;官员们为了讨好他，只能战战兢兢地说谎欺瞒。法律规定，方士之术不灵就要被处死。如今方士三百人，都是因为畏惧而献谀，谁也不敢指出始皇之过，天下之事无论大小皆取决于皇帝，他竟以秤来称量大臣们的上疏，大臣们呈上的疏奏(竹简)每天不足一百二十斤，谁也不能休息。像这样贪揽权势的人，我们不能为他求长生不死之药。”于是，二人相约而逃。
秦始皇听说侯生和卢生逃跑了，勃然大怒，说：“我对待卢生这些人不薄，赏赐甚厚，而他们居然在背后诽谤我，说我缺德。我曾派人去问这些在咸阳的儒生，有人告诉我，他们中有人妖言惑众，扰乱老百姓的思想。”于是，始皇命有关部门逮捕了一些散布“妖言”的读书人。这些人在严刑拷打之下，互相检举揭发，共“咬”出了四百六十多个诽谤过秦始皇的儒生。秦始皇一声令下，这四百六十多个儒生遂被活埋于咸阳。这就是发生于公元前212年的“坑儒”事件。侯生与卢生本是受秦始皇之命寻仙求药的方术之士，还不能算是纯粹的儒生。他们的逃跑，可能是怕自己找不到仙药被追究，而他们评论秦始皇的话，却无不中的。嬴政由他二人的逃跑，而迁怒于咸阳的读书人，竟一口气活埋了四百六十多人。
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如果说秦始皇坑杀的都是些装神弄鬼、招摇撞骗的方术之士，这个事件对儒生们的打击可能不会那么沉重，所造成的社会影响恐怕也不会那么恶劣。事实是，“焚书坑儒”事件之后，儒生们纷纷站到了秦始皇的对立面，有的甚至公开参加了反秦起义军。司马迁在《史记·儒林列传》中说得很明白：“及至秦之季世，焚诗书，坑术士，六艺从此缺焉。陈涉之王也，而鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王。于是孔甲为陈涉博士，卒与涉俱死。陈涉起匹夫，驱瓦合適戍，旬月以王楚，不满半岁竟灭亡，其事至微浅，然而缙绅先生之徒负孔子礼器往委质为臣者，何也?以秦焚其业，积怨而发愤于陈王也。”
在司马迁看来，秦始皇焚书坑儒，对当时人们研究“六艺”是个致命打击。陈胜起义之时，山东一带的儒生毅然参加了陈胜的义军，孔子的八代孙孔鲋(字甲)就做了陈胜的博士，后来与陈胜一起遇难。陈胜虽不过是一介民工，但在这些儒生的帮助下，不出旬月便建立了自己的政权。儒生们之所以不顾君臣大义纷纷跟随陈胜造反，就是因为秦始皇的文化专制主义政策剥夺了他们进行学术研究的权利，使他们无以为生，忍无可忍，终于追随陈胜走上了武装反抗秦朝暴政的道路。秦始皇焚书坑儒，以为这样一来可以愚天下黎民，保万世江山。不料“坑灰未冷山东乱”，距秦始皇坑儒仅四年，秦始皇梦想要“传至万世”的基业便土崩瓦解了。