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还有人说，朱慈烺逃奔了南明小朝廷。朱慈烺出宫后，颠沛流离、隐姓埋名，辗转至南京弘光小朝廷。福王朱由崧召集大臣马士英对他进行盘问，自然对答如流，很多人都认为是真的。可是福王为了稳定自己的帝位，拒不承认太子为真，有言太子为真的皆杀。后来清军攻破南京，朱慈烺被掳，从此下落不明。
综上所述，由于有关崇祯太子的记载出入很大，流传下来的传说又难辨真假，因此，时至今日，这位明朝末代太子的下落仍然是个谜团。
