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在这个阶段，称王称霸的人很多，但玉玺只有一个。怎么解决这个问题呢？于是很多豪强枭雄自己私刻玉玺。比如东晋朝廷南逃后，就自刻了一个玉玺；此外还有西燕慕容永刻的玉玺、姚秦的玉玺等等。他们私造玉玺的“创意”得到了后世许多乱臣贼子和枭雄豪强的欢迎和效仿。
玉玺留在建康，随着东晋、南宋、南齐、南梁世代相传。到了南梁时，建康发生了侯景之乱。侯景在寿阳起兵叛梁，最后攻占了首都，得到了玉玺。侯景很快被杀，叛乱被平定。但侯景任命的侍中兼平原太守赵思贤却趁乱拿着玉玺潜逃到了广陵，被一个叫郭元建的人抢走了玉玺。郭将玉玺献给了北齐的行台辛术，辛术再转献给北齐朝廷。传国玉玺遂为割据黄河中下游的高氏所有。
后来南陈取代了南梁，但是没有传国玉玺，怎么办？好办，自己刻一个玉玺。于是玉玺越刻越多，每个割据政权都宣称玉玺在自己手中，自己才是真命天子。建德六年公元577年正月，北周武帝宇文邕灭亡北齐。传国玉玺进入北周。四年后，外戚杨坚废北周静帝，建立隋朝。传国玉玺成为隋朝的国宝，隋朝将传国玉玺改称为“受命玺”，所谓隋命天授。但是此时的传国玉玺是真是假就无从考证，传国玉玺在战乱中消失了，究竟流落何处至今无解。
权力永远是人们追逐的目标，传国玉玺作为最高权力的象征物，自然受到更多的关注，想要将它占为己有的人很多，就在这一次又一次的争夺中，传国玉玺失去了踪迹。对于传国玉玺的寻找还在继续，不知何时才能找到。