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但科学界对世纪大洪水的起源，始终抱持怀疑态度，至今仍不断找寻遗迹以作证实。
不过也有相当多的科学家承认大洪水的存在。据土耳其科学家表示，约在13000至14000年前，世纪大洪水高大的浪潮自今日的黑海漫过马尔马拉海进人地中海，并且在高达数百甚至数千公尺高的巨大浪潮冲进地中海时，淹没了许多人类居住地，因此形成今日的爱琴海岛屿星罗棋布，至少有两千座岛屿，海底下也可能埋藏了许多传说中陆沉的“阿特兰蒂斯城，’。
