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后来又传出，朱元璋不是葬在孝陵、也非朝天宫，离开了南京城，选葬在北京的万岁山。清人赵执信《万岁殿》称，“明祖手持一杯酒，布衣刘季真吾友（太祖祭历代帝王庙，惟汉高祖前加酒一杯，理由是只有刘邦和他一样，是从个平民老百姓当上皇帝的，即‘惟公与我起布衣而有天下’一说）。
后经考证，这是以讹传讹，不可信。甘熙即说，”万岁山在燕京，其时方以会葬不从，兴师靖难，焉有奉移梓宫不远数千里而往之事？“我也这样认为，如果真是这样，朱棣造反第一理由又从哪来？
但朱元璋到底是否真的葬在孝陵内，现在并没有学者能说”一定“二字。我曾向原在孝陵博物馆工作的中山陵园管理局文物处副处长廖锦汉先生请教过此事，廖称，在明孝陵”申遗“之前，中山陵园管理局曾专门请南京大学等相关的技术、史学专家，经数年科学探测、考古，证明明孝陵地宫未曾被盗，完好无损。
后来我再从相关专家处了解到，1998年开始，江苏省地震局地震工程研究院的专家在宝城内，采用无损磁测法（GPM技术），已经明确发现在宝顶地下深处有一个面积达数千平方米的建筑空间，而且还找到了进入这个空间长达百米的通道（墓道）走向和入口，无疑宝顶下存在的这个巨大建筑空间只能是明孝陵的地宫，而地宫的入口就在明楼东侧十几米处现呈下沉错位、有裂口的宝城城墙下面。
然而这也并不能证明证明朱元璋的尸骨就在地宫中，真相恐怕只有等开挖明孝陵的哪一天才能最终揭开！但挖明孝陵恐怕如开挖始皇陵一样，目前还不可能，朱元璋到底葬在哪，在相当长的时间内，这将仍是一个谜！