清代总督，一般是正二品，加兵部尚书衔者为从一品，另大学士衔者为正一品。辖一至三省。清代总督例兼右都御史，加兵部尚书衔。统管一省或两三省的军事、行政，司法大权。
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清初，顺治朝共设有十五个总督。分别是直隶总督(驻大名)、山东总督(驻青州，后改驻济南)、江南总督(驻南京)、山西总督(驻太原)、河南总督(驻开封)、陕西(驻汉中)、福建总督(驻漳州)、浙江(驻温州)、江西总督(驻南昌)、湖广总督(旧制春季驻荆州，秋季驻武昌。后曾长驻荆洲，最终专驻武昌)、四川总督(驻重庆)、广东总督(驻广州)、广西总督(驻梧州)、云南总督(驻曲靖)，贵州总督(驻安顺)，全国形成了十五总督并设的局面。
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到康熙年间，经过合并裁撤，到康熙四年十五总督改设为直隶山东河南、江西江南、福建、浙江、山西陕西、湖广、四川、广东广西、云南贵州九总督。
至康熙末年形成了两江、川陕、闽浙、湖广、两广、云贵等六总督的格局。经过这次调整，清朝初步确立了两省设一总督的格局。
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到乾隆二十五年的时候，又恢复四川总督，改川陕总督为陕甘总督，增设直隶总督。此后历经嘉庆、道光、咸丰三朝基本无变化，最终形成了八总督格局，即湖广、两江、直隶、四川、两广、云贵、陕甘、闽浙总督。另外在山东济宁设立河道总督，总管运河黄河水务。