燕王朱棣后来起兵造事，把老子认命的孙子皇帝撵出南京的皇宫，至今下落不明，与朱允炆选择的下葬时间失当有直接关系，成为朱棣要搞他的第一理由。现在，关于朱元璋的死亡时间，有各种说法，一是洪武三十一年闰五月初九，一说是闰五月初五，一说是闰五月十七日等。为什么会有这么多种说法，表面的原因是史书上记载多模糊，如《明史 惠帝纪》：“恭闽惠皇帝讳允蚊，大祖孙，懿文太子第;子也。
葬高皇帝于孝陵，诏行三年丧。”“辛卯”，现在可以确定了，就是洪武三十一年闰五月十六日。从这里推算，朱元璋下葬是他死后的第七天，那么死时间就是当年的闰五月初九。对于朱元璋到底是哪天死的?按说这是很清楚的事情，为什么史书上要写得模糊?这与朱允炆给朱元璋选择下葬时间不当，“嫌其太速，事理有不尽然者”，为掩人耳目啊，故意混淆是非。
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据说当年孝陵内每到夜里就传出一个妇人的哭声，原来这是马皇后的哭声，后来大搞法事才没有了哭声。马皇后为什么要哭?说是一人空守一座孤坟，悲伤所致啊，”后来孝陵传夜哭，应缘马后悲孤独“，即是这个说法。葬在朝天宫这种说法，倒是给朱允炆”速葬“朱元璋、大摆迷魂阵、十三城门出殡找到了合理的解释和可能性，朝天宫在城里，速葬起来很方便的;如果葬在孝陵内，就没有必要搞假象。
真相恐怕只有等到开挖明孝陵的哪一天才能最终揭开!但这个日子恐怕如开挖始皇陵一样，目前还不可能，很遥远，这也是说，朱元璋到底葬在哪，在相当长的时间内，仍将是一个谜!