努尔哈赤要求建州内部权力高度集中在自己手中，这就与建州女真原始氏族社会军事民主的传统发生了矛盾。努尔哈赤的弟弟舒尔哈齐，儿子褚英、代善……一个一个走上前台，充当了一场又一场家庭悲剧和政治阴谋的主角。
努尔哈赤的非凡，在于他淡化了亲人，表现出了“非人”。
胞弟囚死
努尔哈赤的第一个对手，是他的同母弟舒尔哈齐。
舒尔哈齐比努尔哈赤小四岁。两兄弟相依为命，共同，或者说是努尔哈赤拉着舒尔哈齐的小手，度过了苦难的童年。努尔哈赤起兵后，二十岁的舒尔哈齐始终是他得力的助手和冲锋陷阵的勇将。史载他“自幼随征，无处不到”。
舒尔哈齐身高体胖，白白净净，四方大脸，给人一种自然的亲和感。努尔哈赤则体态魁伟，无一丝赘肉，长脸铁面，不怒而威，使人常生敬畏之情。
两兄弟外貌、气质多有不同，但却同样勇敢，善战，坚韧不拔，特别是有着相同的雄心大志。
这一点，朝鲜使臣看出了端倪。他们在费阿拉城见到舒尔哈齐家大门上贴的残联，上联剩“远迹青山”，下联剩“身居绿林”。
舒尔哈齐在其兄努尔哈赤治下要“身居绿林”，这意味着什么呢?
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舒尔哈齐完了。他永远不再是弟弟，而是敌人，一个无用、有害，又再无必要与之周旋的敌人。
努尔哈赤佯称新宅落成，邀舒尔哈齐赴宴，将其幽禁。又以舒尔哈齐之命召来他的两名心腹骁将常书、纳齐布，在二人步入房门之时，使潜伏甲士拦腰斩杀之。
舒尔哈齐铁索锒铛，被囚禁在暗无天日的禁所，囚室门窗皆被砖石密封，仅留“通饮食、出便溺”两个洞口，生不如死。两年后，亦即万历三十九年(1611年)八月十九日，舒尔哈齐忧愤而亡，时年四十八岁。
努尔哈赤大权在握，于明万历四十四年元旦，顺利登上了后金天命汗的宝座。
五十八岁的努尔哈赤，以吞吐天地的雄才大略，横扫千军的赫赫战功，统一女真的光辉业绩，赢得了此时的殊荣。而他光辉灿烂的宝座，染有其胞弟——舒尔哈齐的血。
舒尔哈齐死于女真上层权力与汗位的争夺。关于他的死，有各种不同猜测。除一些猜测认为他是被努尔哈赤囚禁、“忧愤而死”外，更多的猜测则认为他是被努尔哈赤杀死的。
清朝官书隐去了努尔哈赤囚禁舒尔哈齐的情节，含糊记载道：
弟贝勒自责曰：“多蒙兄汗赡养，曾欲别往以居，洵属狂妄，实乃我之过也。” 于是翻然归来。聪睿恭敬汗遂以籍没之国人、僚友于当年悉数归还弟贝勒。后弟贝勒仍不满其兄聪睿恭敬汗之待遇，不屑天赐之安乐生活，遂于辛亥年八月十九日卒。
舒尔哈齐之死，是后金国初四大疑案的第一个疑案。同许多宫廷疑案一样，舒尔哈齐的死，成了永久的谜。