朱元璋给南京留下了丰富的文化遗产，除了孝陵，世界现存最长的城墙--南京明城墙，也是朱元璋的杰作。明代内城有门十三座，外郭有门18座，此即所谓"内十三，外十八"。
传说，朱元璋下葬时，也搞了一个"迷魂阵"，当天，十三城门同时出棺。这个说法已传述了六百年，是南京民间最经典的段子之一。南京过去有个民谣:"南京有三怪，龙潭的姑娘像老太，萝卜当作小菜卖，十三个城门抬棺材。"竟然把朱元葬当年下葬的传说，当成了南京代表性的一件事。
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传说，前面的三清殿下，"为明祖真葬处"。
此后不少人相信此说。清代浙东学派代表人物全祖望在《从朝天宫谒孝陵》一诗称，"钟阜衣冠是与非，朝天弓剑更传疑。难寻玉匣珠襦地，但见神功圣德碑。开国谅无惭汉祖，嗣孙底是学曹丕。当年可笑山陵使，乱命何人为弼违。"
从全祖望的诗中可知，明清时期对朱元璋的葬于孝陵的正统说法，人们是持怀疑心态的。