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至今日本保存着不少徐福活动的遗迹，如和歌山县徐福和他的传员七人墓、徐福宫，九洲岛佐贺县“徐福上陆地”纪念碑、徐福的石家、徐福祠，另外又有奉祀徐福的金立神社等等。有些学者认为，徐福东渡日本只是传说，找不到可靠的历史文献来证明。更有人认为，徐福东渡日本的传说，是日本10世纪左右的产物，并非最先由中国人提出来的。
徐福当时到的只是渤海湾里的岛屿，他在日本的事迹、遗迹、墓地，均属后人虚设。另外，又有学者认为，徐福东渡是历史事实，但不是去了日本，而是去的美洲，回为徐福东渡的时间与美洲玛雅文明的兴起相吻合，而日本与中国大陆相距甚近，根本不需要耗费巨资，数年才能抵达。人海茫茫，徐福东渡究竟去了何方，至今尚未有令人信服的答案。