关于李莲英之死，野史语焉不详，以“病故”，“及死去”言之。1908年10月，慈禧太后去世，据《李氏家谱》载:“百日孝满，出宫养老。”李莲英搬进北京棉花胡同家中，整日吃斋念佛，闭门不出。3年后，李莲英去世。据李家后人之说，李莲英是病死的，病因是痢疾不治，得病后三四天即殁。但是，清史档案和墓志铭，则用了一个“殒”字，模棱两可。直到近几十年，才峰回路转，引出大段公案。
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一，李莲英死于他杀，是事实，病死之说，仅仅是其家人说法，不足信。二，李莲英死于仇敌。仇家可以是革命党人，也可以是宫中同道，亦可以是袁世凯授意之人。其实，最有可能杀他的人，则是光绪皇帝的弟弟醇亲王载沣，其时任监国摄政，权倾一时，他杀人的动机也是有的，因为有人说正是李莲英下手毒死了光绪皇帝，报哥哥被杀之仇，顺理成章。至于悍匪劫杀之说，则有点牵强。三，李莲英被杀地点，并无确切之说。因此，极有可能是杀人者扔还了李莲英的首级。李家之人，找不到尸体，只好将其脑袋壳下葬了。
李莲英生前荣华富贵，死后也得以厚葬，但他的头骨被挖出来后，曾被学生当足球踢，最后被扔进了学校茅房的粪坑……直到有一天晚上，那个亲手挖开李莲英墓的人，北京“六一”学校老师赵广智先生拿了一个粪勺，把那颗头颅捞了出来，埋到了一个山坡下，从此无人知晓。