崇祯十七年(1644)，闯王李自成领导的农民起义军进攻北京，崇祯帝见大势已去，绝望地叫来太子朱慈烺并另外两个儿子——朱慈灿、朱慈焕，亲自为他们换上民间衣服，令其逃亡，并叮嘱他们说：“见到做官的叫老爷或相公，见到平民百姓叫老爹或老兄，见到文人叫先生，见到军人叫长官，以此保全性命，勿忘父母之仇，勿忘光复明室。”这是一位父亲对不通人情世事的孩子们如何在乱世中安身立命的教诲，父子亲情及无限感慨尽在其中。
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朱慈烺出宫后，颠沛流离、隐姓埋名，辗转至南京弘光小朝廷。福王朱由崧召集大臣马士英对他进行盘问，自然对答如流，很多人都认为是真的。可是福王为了稳定自己的帝位，拒不承认太子为真，有言太子为真的皆杀。后来清军攻破南京，朱慈烺被掳，从此下落不明。
综上所述，由于有关崇祯太子的记载出入很大，流传下来的传说又难辨真假，因此，时至今日，这位明朝末代太子的下落仍然是个谜团。