元朝末年的至正二十年(1360)的四月十七日，朱棣出生在当时的应天府，也就是今天的南京。关于他出生的现场情况，被后人描述十分神奇——云气满室，光彩五色，照映宫闼，连日不散，这些都被看做是朱棣以后当皇帝的吉兆。中国古代有一个传统，凡是名人、富贵之人出生时必定会有不同于平常人之处。这些迷信说法，都是人为制造或者附会的。
那么朱棣出生时到底是什么一个情形呢?当时他的父亲朱元璋还没有取得天下，只是占据着应天府以及周边和浙江一部分地区。这至多只能算是元末群雄割据中一支较大的势力，但谈不上是实力最大的一支。那时候朱元璋还是元末农民军小明王的部下，官职是江南等处行中书省左丞相。
朱棣出生在这样的家庭里，当然也算得上是个贵家的公子。但是他这样的贵家公子在当时还是命运叵测。为什么这样说呢?因为那个时候与朱元璋为敌的上游有陈友谅，下游有张士诚，都虎视眈眈的，想灭掉朱元璋。朱元璋天天忙于跟他们打仗。后来足智多谋的朱元璋在这场争斗中逐渐强大起来，最终消灭了这两支与他争夺天下的最强的势力。现在我们在这里用寥寥数语来说这事，好像这是不费吹灰之力的事，但在当时那是相当不容易的。不过这些都是朱元璋承担的事儿，这时的朱棣还是一个刚刚出生的婴儿。
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其实马皇后从来就未曾生育过，太子朱标、秦王和晋王，的确都不是马皇后所生，而是李淑妃所生。朱棣和周王朱也都不是马皇后所生。只是他们自出生起，就由马皇后抚养，只认马皇后为母亲，所以在他们小的时候，只知道母亲是马皇后，都不知道自己真正的生母是谁。等到长大成人，才慢慢知道了一些情况，可是谁也不敢去问，也不敢讲，其实也不愿意讲，因为他们都知道嫡出与庶出的区别。好端端地去自认庶出的身份，那不是有毛病啊?那等于自降级别。更何况如果惹得朱元璋、马皇后不高兴了，还不知自己会倒什么样的霉。但是实际上当时人们是知道这些情况的。后来朝廷怕朱棣起兵造反时诸王会追随他，就首先把周王抓了起来，理由是周王是朱棣的同母兄弟。朱棣哪里能咽下这口气，他为此与朝廷打起了一场口水战。最后他打下天下，当了皇帝，这件事也就再没有人提起了