乾隆十四年(1749年)八月，两淮盐政吉庆上奏，表示乾隆举行木兰秋A典礼，又西巡五台山礼佛、东巡曲阜祭孔，但是江南丰饶之地却未亲自巡幸，以江南民众十分盼望为由，恳请南巡。乾隆未给出明确回应只朱批“览”，表示已看过此奏折了。市档案局的贾丽琴介绍，当年九月，两江总督黄廷桂、河道总督高斌、漕运总督瑚宝、副总河张师载、安徽巡抚卫哲治、江苏巡抚雅尔哈善、两淮盐政吉庆联名上奏，恳请乾隆巡幸江南。他们表示，经过乾隆的励精图治，现今已盛世显现，社会稳定，人口稠密，具备南巡的条件。此前，康熙就曾六次南巡，乾隆其实对其祖父的南巡之举是十分渴慕的。此折上奏后，乾隆朱批：“大学士九卿议奏”。当年十月，南巡之事最终敲定。
据史料记载，乾隆十六年(1751年)正月十三日，乾隆奉皇太后离京，开始第一次南巡江浙。经过直隶、山东到达江苏，在徐州府宿迁县叶家庄暂停小住。二月初八日，渡过黄河，巡查了天妃闸、高家堰，经过淮安、高邮到江都县香阜寺;然后自瓜洲渡过长江，巡幸镇江、无锡、苏州。三月初一日，到达杭州，遍游西湖名胜，同时至绍兴祭大禹庙。回京时，从南京绕道祭明太祖陵，之后又在扬州游玩，在高F寺短暂停留。随即沿运河北上，从陆路到泰安。五月初四日，历经四个多月，回到京城。
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第二次南巡时他谋划抽薪之计，就是要预先降低洪泽湖的水位。“百室求宁”是他的愿望，乾隆二十三年(1758年)定淮水入江为急办工程，先后连续多年，使淮水入江工程达到盛期，所做的工程有加开董家沟、东西湾三合土滚水坝、开挖太平河、建壁虎二桥、建金湾新坝、降低各坝闸、加宽河道等等，终于使归江口门达到107丈(342米)，比康熙时翻了将近一倍，使归江河道具备了排泄淮水的价值，奠定了淮水由里下河归海转向归江的局势，无疑对减轻里下河水患起了重要作用。
乾隆二十七年(1762年)第三次南巡时，乾隆实施了他的所谓“抽薪之计”，就是修订水情调度水则，减少淮水排向扬州的泄量，令河臣恪守此法，终于使里下河赢来20年左右的时间不被水淹。后来乾隆听说淮扬运河，好久没有挑浚，河床逐渐淤高，不仅有碍漕运船只航行，水大之年还致泛滥，遂传喻两江总督高晋、总河萨载，逐段查看测量，要他们一面组织开挖，一面上报，“不可有惜费之见，致有贻误”。
乾隆南巡目的何在?徐炳顺说，归纳起来主要有二：一治理长江水患和利用黄河水利，实地勘查，出主意，以利农田灌溉，同时他沿运河南下，查明漕运;二为了解农田谷物情况并察看民情。