嘉靖是明代一个绕不过去的皇帝，在位时间长达45年，仅次于他的孙子万历。在嘉靖皇帝即位之初，就革除先朝蠢政，使朝政为之一新。嘉靖的资质被认为是非凡的。他爱学习，好动脑，博览群书，联对敏捷。稍懂事时，就参加王府的一切例行仪式和典礼，还被带到北京的皇宫和朝廷去，熟悉了宫廷仪式和典礼的规矩。他是过早成熟的。生活环境和教育熏陶，使他逐渐养成了自我感觉良好、旁若无人、自命不凡的习性。
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他的父亲1519年7月去世后，年仅13岁的他，就接手管理王府，表现出了极高的管理才能。他15岁进京登皇帝位时，其思想体系和世界观已初具雏形。他的治国方略就是在这种思想体系的指导下，得到几个所信赖的大臣的帮助而逐渐形成的。嘉靖皇帝的治国方略，可以从他一生的作为中梳理出以下几条：用老臣，明孝纲，除旧弊，振朝堂等。他的治国方略，是采纳解一贯条陈“十事”的结果，嘉靖本人也是身体力行的。正是这一治国方略才使得他年纪轻轻就站稳脚跟、掌稳政权。
嘉靖皇帝好标新立异，较少保守思想，为强化君权、树立“英主”形象，嘉靖九年(1530)开始进行以清理封建祭祀制度为主要内容的改正祀典活动。改天地合祀粼天地分祀，去掉孔子王号，恢复“至圣先师”称号等一系列清理和改定的举措陆续实施。虽然这些与政治、经济改革关系极小，但却是嘉靖皇帝敢于变更祖制的结果。嘉靖皇帝在改正祀典中，将朱元璋制定的关于天地合祀，孔子祀典等多项规定改动了。这无疑动摇了祖制不得变动的陈腐观念，一定程度上为改革活动的开始清除了思想障碍。
同时，面对严重的财政危机，嘉靖皇帝也对社会弊端采取一些清理措施，以挽救王朝日渐明显的颓势。从这点出发，他对主要由地方官员发起的改革赋役的活动予以支持，准许在一定的地区内实施，这就为诸如“一条鞭法”等新的赋役征收制度的出台和在局部地区的推行铺平了道路。
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嘉靖皇帝为解决长期困扰明王朝的宗藩问题而颁布实施的《宗藩条例》更是嘉靖朝改革的重要成果。明朝的宗藩制度始于建国初期，在这个制度下，宗室家族世代承袭，只享受优厚的待遇，但却无所事事，成为由朝廷供养的一群寄生阶层。随着时间的推移，宗室生齿日繁，人数不断扩大，朝廷的负担也就日益加重。洪武时，山西惟封晋王一人，到世宗时剧增为两万余人;朝廷所支付的禄米也由每年1万石，增至87.2万余石。明王朝背上了沉重的负担，越来越无法忍受。面对严重的“宗藩”问题，嘉靖皇帝采取一系列措施，企图予以解决。其中收效较为显著的是嘉靖四十四年(1565)颁布实行的《宗藩条例》。它一方面限制诸王宗藩的请封活动，另一方面减少亲王的禄米，规定了数十条具体条款。这在一定程度上限制了宗室贵族势力的膨胀，略为减轻了朝廷的财政负担。嘉靖皇帝实施的改革措施，为万历初期张居正全面推行改革进行了准备。
嘉靖皇帝采用了以猛治国的方针，对大臣动辄予以廷杖，罚俸、罢官、下狱等方式的惩治。同时他又极喜听阿谀奉承之言，凡善于拍马的小人，往往得以升官晋级。这就使为国分忧的正直臣子时常遭受打击，而势利小人和奸佞官吏则飞黄腾达，鸡犬升天，社会风气愈加败坏。为了牢牢控制朝廷大权，嘉靖皇帝还经常有意制造和利用朝臣之间的矛盾，使之相互争斗，他好居中操纵，掌握大权。这种恶劣作法，使朝臣的门户之争愈趋发展，开明代后期党争的先河。
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嘉靖四十五年正月，朱厚熄病情加重，而这一年也是他生命的最后一站。别了，居住二十四年的西苑，嘉靖帝已不能再看它一眼了，他极不情愿地被抬到充满恐怖和肃杀之气的乾清官。上帝赐予他皇位，却又仅赐予他一个普通人的体魄和智慧。当他对繁冗的朝政不堪担荷时，他开始了逃遁，这是与其堂兄明武宗在实质上差别无几的精神逃遁。他用斋醮焚修筑起一道网，希冀把自己同整个社会隔离开来，在体会颂圣的道情乐声中获得灵感和欢娱，也获得长生。但最后，他获得的却是孤独。1567年，嘉靖帝去世，享年60岁，死后葬北京十三陵之“永陵”，谥“钦天履命英毅圣神宣文广武洪仁大孝素皇帝”。
总括其生命历程，他从不足十六岁便入继大统、伴随他的是近半个世纪的朝廷大政，是蒙骑蹄下的烟尘，是凶险环生的宫廷，是争强无尽的内阁，是边卒的叛乱，饥民的造反。可以说嘉靖皇帝既不是“英主”，也不是“昏君”，如果用“中材之主”来评价还比较合适。