第一种：慈禧知道自已即将归西天，不愿意在他死后，光绪皇帝重新掌权，派人毒死了光绪帝。主要依据有清末给光绪看病的名医屈桂庭他的回忆录中说：“光绪在临死前三天，在床上不停地翻滚，并且不停地大叫，‘肚子疼得不得了。’脸色发暗，舌头又黄又黑，明显是中毒症状。’”根据这种说法，光绪是被毒死的，最大的嫌疑人是慈禧太后，因为她是当时最有权势、又严密控制光绪帝的、最好下毒、最可能下毒的人。
第二种：袁世凯见慈禧一病难起，怕慈禧死后，光绪掌握实权，报复自已在戊戌变法出卖皇帝的行为，于是贿赂宫廷宦官，用剧毒药物害死光绪帝。这种说法最有权威的依据是清朝最后一个皇帝溥仪的说法，溥仪说：“我亲耳听到一个侍候光绪帝的老太监讲：‘光绪帝死前一天，只是用了一剂药，才变坏的。后来才知道这剂药是袁世凯送的。’”
第三种：太监李莲英得悉光绪帝的日记中载有西太后死后将诛袁世凯和他的消息，与慈禧一起阴谋将毒药投入光绪帝的食物中致使光绪帝中毒身亡。
第四种：这几年来有专家根据光绪帝生前的病历，结合当时的历史背景和现代中医学理论，推断是光绪帝因为严重肺结核病加上其它并发症，导致死亡的。
第五种：光绪帝有严重的肾亏，加上光绪帝从小身体虚弱，从几岁起就受慈禧的压制，长期处在紧张之中，后来又在做皇帝时更是经历一连串的挫折和打击，病情逐渐加重，引起一系列呼吸道、消化道、等并发病症，最后病亡。这一说法主要依据是光绪生前的病历和光绪生前自已的一段回忆。
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光绪的政治抱负不能得以实现，日久天长，精神更加抑郁，情志愈益不畅，旧病不去，又添新愁。从“脉案”看，在相当一段时间内，光绪体质虽未见好，遗精及腰背酸沉等病仍在继续，但诊病和吃药的次数却相对减少。这主要是光绪力图在政治上有所作为，以挽救他那岌岌可危的政权，整日忙于政务，另外，还要随时应付慈禧的训斥，一时无暇顾及诊病吃药。
疾病缠身的光绪亲政后的第一件大事，就是遭逢日本侵略朝鲜，进而侵略中国。
光绪帝违背母后之意，决心援朝抗日，但腐败的体制导致战争失败，被迫签定《马关条约》，失地赔款，这虽使他受到重大打击，加深了“母子”的不和，但也激发他力图改革政治，富国强兵的雄心。光绪帝在康有为、梁启超等人的影响下，在珍妃的积极支持下，于光绪二十四年四月二十三日(1898年6月11日)，颁布“明定国是诏”，宣布变法，强调博采西学，推行新政，授予康有为“专折奏事”特权。
那些守旧的亲贵重臣害怕光绪皇帝在改革政治中触动他们的地位，纷纷投靠慈禧并竭力挑拨他们“母子”的关系。慈禧也深恐光绪改革的成功会影响到她的独裁。这样朝臣内出现了“后党”与“帝党”，双方展开了激烈的斗争。光绪亲政的十年，是他与慈禧进行政治和权利斗争的十年，从中日甲午战争到戊戌变法运动，双方矛盾日益尖锐化。