1644年的中国，正是明清交替。历史舞台上有三位主角：明朝皇帝朱由检、农民起义军闯王李自成、清朝的摄政王多尔衮，或许还应加上一位，明朝的辽东总兵吴三桂。其实，还有一位主角一直为人们忽略：小老鼠。
1644年，农历3月15日，闯王李自成率大顺军抵达北京城北郊的居庸关。这里是北京城的最后一道天险，然而关隘却无人防守，明朝总兵唐通出降。接下来发生的事，人人皆知：李自成的队伍势如破竹，在3月18日攻破北京城，朱由检吊死在景山一棵老槐树上。
然而，1644年3月李自成所面对的北京，实际已是一座疫病蹂躏的鬼城。这场大疫，是从崇祯六年到崇祯十七年间流行，发源地大致在山西的兴县，然后到大同，再到潞安。接着，鼠疫传到陕西的榆林等地。崇祯十四年时，大疫传到河北大名府、顺天府等地，那里的地方志上，都有“瘟疫，人死大半。互相杀食”的记载。崇祯十六年，也就是北京城破的前一年，北京也发生大疫。
为何判定北京的这场大疫是鼠疫?明人当时的笔记称这场大疫为“疙瘩瘟”、“疙疽病”，这实际是对腺鼠疫患者淋巴结肿大的称呼，而当时的传染性之烈，“死亡枕藉，十室九空，甚至户丁尽绝，无人收敛者。”只有鼠疫才能有如此烈性威力。
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如果没有战事，或许明朝政府还可以集中精力去应付灾荒。但明朝末年的时候，明王朝面临着强大的外敌入侵。为了应付辽东防务的沉重负担，于是加紧对社会摊派苛捐杂税，这又导致社会矛盾激化，激起一轮又一轮的民变。战争，又导致灾荒和疫病的后果成倍扩大，无法收拾。
灾荒、疫病、战争，1640年代的中国，这几种因素相互影响，相互作用，使得神州大地生灵涂炭，山河破碎。据学者统计，明清易代之际，因非正常死亡，中国的人口减少了约四五千万。