明孝陵从洪武十四年(1381年)正式动工，至永乐三年(1405年)建成，历时25年。先后调用军工10万，耗费了大量的人力、物力，规模巨大。当时从朝阳门(今中山门)至孝陵卫再到陵墓西、北所筑的皇墙有45里，护陵驻军有5千多人。洪武三十一年(1398年)，朱元璋病逝，启用地宫与马皇后合葬。
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明孝陵的后山还埋葬着一批明朝的开国功臣，有著名的中山王徐达、开平王常遇春墓等。据传，朱元璋营建明孝陵时，曾说过他一人独居钟山之阳，功臣陪葬山阴。因此，在紫金山之阴就有了11座功臣墓。这又恰似群星朝“北斗”。风水学认为，朱元璋留存孙权墓并非像简单传说那样仅因孙权是好汉，而是因为孙权墓所在的梅花山孙陵岗还在古地貌学上是一个“近案”，通俗地说，就像一张茶几。这样一来，明孝陵背倚钟山，从整体上就又形成背有靠，前有案，东有青龙，西有白虎，北有玄武(龟蛇合体)，南有朱雀的吉祥格局。