张居正死后不久，是年十二月壬辰(初八日)江西道御史李植上疏弹劾冯保十二大罪状。明神宗览奏之后大喜说：“吾待此疏久矣!”查抄冯保家产，并将冯保发配南京孝陵种菜。梁梦龙、曾省吾、王篆一概勒令致仕。这时候，宦官张诚及江西道御史李植、云南道御史羊可立、山东道监察御史江东之等纷起攻讦张居正与冯保“交结恣横”、“宝藏逾天府”，陕西道御史杨四知因上疏劾张居正“贪滥僭奢，招权树党”，神宗诏令“姑贷不究，以全终始。”万历十一年(1583年)正月，南京刑科给事中阮子孝又上疏弹劾张居正“各子滥登科第，乞行罢斥”。这时张四维上疏代辩，说“居正诸子所习举业，委俱可进。惟其两科连中三人，又皆占居高第，故为士论所嫉，谤议失实”。神宗批文：“都教革了职为民”。羊可立弹劾张构陷辽王朱宪㸅，同时辽妃上书为辽王辩冤，并说辽府家产无数，全入张家。
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皇帝迫于物议，恩准给张家留空宅一所，田十顷养张老太太赵氏，余子皆充军。李植以及江东之、羊可立三人，以“尽忠言事，揭发大奸有功”，分别晋升为太仆寺少卿、光禄寺少卿和尚宝司少卿。
张居正至天启时方恢复名誉。崇祯时“抚髀思江陵，而后知得庸相百，不若得救时相一也”，为张居正彻底平反。识者感慨其“功在社稷，过在身家”。《明史》评价他功在社稷，张居正故宅有题诗云：“恩怨尽时方论定，封疆危日见才难。