王莽的主力已经给消灭了，主要的地盘只剩下长安和洛阳两个大城。弘农(在今河南)郡长官王宪干脆投降了汉军，不少豪强大族也跟着王宪去打长安。他们在城里城外到处放火。王莽穿着礼服，拿着一把短刀，坐在前殿，死守着六十万斤黄金和别的珍宝。
第二天，火烧到前殿来了。大臣们扶着王莽躲到太液池里的渐台。太阳下山时，起义军打进了渐台，把王莽杀了。王宪找到了玉玺，穿上王莽穿过的龙袍，戴上王莽戴过的冠冕，做起皇帝来了。
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剩下的十几万赤眉军由樊崇带着，向东开走了。汉光武帝率领大军布置好埋伏，等赤眉军一过来，就把他们团团围住。樊崇没法走脱，派人向汉光武帝求和。汉光武帝下令让他们投降，樊崇就带着刘盆子去见汉光武帝，乖乖投降了。
汉光武帝吩咐赶紧做饭、做菜，让十多万赤眉兵吃一顿好的。接着，汉光武帝把樊崇他们带到了洛阳，送他们田地房屋，给他们官做。但没到几个月工夫，就拿谋反的罪名把他们杀了。
推翻新朝的绿林、赤眉这两支最大的农民起义军，到这时候，都给汉光武帝消灭了。