争议之一，秦始皇是否坑过儒?“焚书坑儒”一直被人们引为秦始皇“尊法反儒”的重要证据。然而，有的学者认为，所谓秦始皇“坑儒”实是“坑方士”之讹。持论者主要从以下两个方面进行了论证。
第一，史籍中对此事件所提及的的具体人物为侯、卢二生，以及韩众、徐市等四人，《史记》载明他们的活动仅限于访仙和求仙药，四人皆为神仙学派的方士。他们为秦始皇求仙，求不死药也纯粹是方士活动，后来没有成功，秦始皇感到上当受骗，发怒杀了这些人。这与后世君主肆意杀人的性质一致，只不过这次株连面过宽，冤假错案太多，所以才引起了人们的注意。侯、卢二生指责秦始皇无道，与儒家观点类似，但是这与儒家的政治主张或学派观点无关。司马迁记录“焚书坑儒”事件，用的是“方士”或“方术士”，明确指出是神仙学派之士。汉初大儒如贾谊、董仲舒等对秦政多有评论，屡屡谴责焚书事，但也从未论及“坑儒”之事。汉朝离秦朝时间之近，以贾、董之博学，“焚书坑儒”的事情应当知晓，假如秦始皇所坑确实是儒，尊儒的贾谊、董仲舒等绝无不议之理。据此可以判断，“坑方士”之说，才是更接近历史的真实情况。只是到了东汉以后，时间距秦已远，“剧秦”之社会舆论、儒家独尊之地位、加以“今文学派”虚指浮夸甚至作伪之学风日盛，提供了炮制秦始皇“坑儒”这一情节的土壤。班固用“术士”一词，其词义就更加广泛，他在《汉书•儒林传》中写道：“及至秦始皇兼天下，燔《诗》、《书》，杀术士，六学从此缺矣。”从这段话可以看出，他所谓的“术士”已有隐指“儒生”之意，于是就被后人附会为成“焚书坑儒”。
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这一说法得到了不少人的认同。元代史学家在《文献通考》卷四十《学校考》记载：“始皇使御史案问诸生，转相告引，至杀四百六十余人。又令冬种瓜骊山，实生，令博士诸生就视，为伏机，杀七百人。”《太平御览》所引《古今奇字》记述也同意这一说法：“秦始皇密令人种瓜于骊山硎谷温处，瓜实成，使人上书曰：瓜冬有实。诏下博士诸生说之，人人各异。则皆使往视之，而为伏机，诸儒生皆至，方相难不决，因发机，从上而填之以土，皆压死。”有人据此认为，秦始皇坑儒不止发生一次，并且进一步指出秦始皇第二次坑儒的原因：因为第一次只坑杀了在京都的四百六十余博士、诸生，广大儒生还散布在全国各地，更加强烈的继续反对秦始皇的暴政，就连秦始皇的长子扶苏也说：“天下初定，远方黔首来集，诸生皆诵法孔子，今上皆重法绳之，臣恐天下不安，唯上察之。”这种说法也有一定的道理，有其当时的历史背景。
秦始皇坑儒到底几次，多少人，至今没有统一的答案。其实，460人也好，700人也好，焚书坑儒(即使所坑是方士)属于一种极端残忍的野蛮行为，秦始皇也因“坑儒”之举背上千古骂名。然而，直到今天，秦始皇究竟有没有“坑儒”以及数量等谜团还是没有解开。