康熙二十二年(1683)六月，奉旨专征台湾，统帅福建舟师迅速攻取澎湖，尔后，利用有利的态势，主动、积极地招抚台湾郑氏集团，促使郑氏集团放弃抵抗而就抚。台岛不战而下。其时，清廷内部对台湾地位的重要性认识不足，对是否留台存在争议。
施琅站在维护国家的一统和安全，巩固沿海地区的社会秩序和保护中国的海洋权益的高度，上疏力主留台卫台。在分管兵部的东阁大学士(宰相)潘湖叟黄锡衮的支持下，施琅(乃分管兵部的内阁大臣潘湖叟黄锡衮的妹夫)的真知灼见打动了康熙帝和朝中大臣，清廷终于决定在台湾设府县管理，屯兵戍守。此后，台湾除了在甲午战后曾被日本侵占五十年外，再也没有离开过祖国的怀抱。在相当长的历史时期里，东南海疆宁靖，两岸人民安居乐业，社会经济文化得到长足的进步。
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康熙看到大明最后一块抵抗根据地终于沦陷了，喜不自胜，即解所御龙袍驰赐，亲制褒章嘉许，封施琅为靖海侯，世袭罔替，令其永镇福建水师，“锁钥天南”。康熙三十六(1697年)，施琅卒于住所，葬在惠安黄塘虎窟。此时康熙帝御旨追加赠太子少傅，谥襄壮，命官3次谕祭，并于泉州府学前建祠祀之。其是，“两岛八闽皆顷德”，纷纷为之树碑扬誉。
十九都有“靖海侯”坊，阳义辅立康熙制诗句“上将能宣力，南纪尽风流”，同安等地立“绩光铜柱”、“泽普南天”、“勋高大树”、“泽沛甘棠”等碑坊，表彰施琅的丰功伟绩。总而言之，作为一代名将，施琅身上有许多闪光的东西，诸如大一统思想，海防和海权思想，不畏艰难险阻的意志和毅力，敢于据理力争、知无不言的作风，还有他的文韬武略等，这一切都值得理直气壮地纪念他。