自焚说。据永乐年间《实录》和《明史稿》的记载，建文帝继位后，即用兵部尚书齐泰和大常卿黄子澄谋，定策削藩。领兵在外、身为燕王的朱棣立即打着清君侧的旗号，起兵南下，发起“靖难之役”。不到四年，燕王即挥师渡过长江，兵临南京城下，建文帝求和不允，只好死守，但是他的主帅李景隆却打开金川门迎燕王大军入城，满朝文武纷纷投降。建文帝眼看大势已去，不得已下令焚宫，顿时火光熊熊，建文帝携皇后马氏，跳入火中自焚，妃嫔侍从等，大都亦随其蹈火而死。燕王朱棣入宫后，清宫三日，搜查建文帝下落。宫内侍人都说建文帝已自焚，并从火堆里扒出一具烧焦的尸体证明之。燕王见到尸体，分不清男女，惨不忍睹。其继位称帝后，只得以天子“礼葬建文皇帝”。《明史·成祖本纪》及《明史·方孝儒传》均持此说
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综上，朱棣在即位后，下令搜寻建文帝，这是历史事实。但他的真实用心及建文帝的真正下落，至今仍是一个未揭开的历史之谜。各类词书字典，也只好注明;“建文帝不知所终”。
建文帝的帝王之旅，四年即告结束，作为皇帝他太过仁慈，有时甚至优柔寡断，如果让他作臣子，相信他可以爱民如子，两袖清风，但做皇帝不一样，皇帝注定与鲜血分不开，他要排除异己;他要树立皇威，如果不能做到这些，皇帝也终将被历史淘汰，建文帝就是这样一个悲剧人物。