清朝就这样开始了对中国的统治。但明朝的遗臣首先拥立神宗的孙子福王，试图进行抵抗。可是他们步调不齐，在南京失陷、福王被俘之后，接连地拥立了唐王、鲁王、桂王等，逐渐被追逼到边远地区。清顺治十八年(1661年)，流亡缅甸的桂王(永明王)政权覆灭之后，明王朝终于在形式上也灭亡了。
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不过，据《南龙公谱略》说：“赖宣卿云：国家出援兵，无功则不仅为本邦之耻，且长期与外国结仇，成为永世之害;如我兵有功，得其地亦荒其田，于国无益，反招后世之弊，不可从其请。……”由此看来，反对的不是井伊直孝，而是御三家中的一家--纪伊的德川赖宣，情况略有出入。