郑成功进入台湾时，清朝随即施行一道对郑家极具杀伤力的“迁界令”。这个坚壁清野的策略实施得非常彻底，目的是让郑成功粮饷物资来源枯竭，最后迫使其山路五商、海路五商无法经营。少了海外贸易收入支应军费，经济越来越困顿，郑氏只好在台湾努力开拓耕地、发展农业，但农业收入远不如海上贸易，郑家终究无法再与清政府相抗衡了。
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郑泰事件发生后，郑经被施琅和荷兰的联合部队打败，撤出金门和厦门，退守到漳州沿岸的小岛铜山(今东山县东山岛)，他的部属大多投降了清政府。1664年3月，郑经终于放弃福建沿海岛屿，撤退到台湾，建国“东宁”，自称“东宁国王”，为保有政权的合法地位并维系郑成功旧部属的向心力，仍继续尊奉南明桂王的永历年号，但不再有西征清朝的想法。