慈禧一直在临死前，脑子都十分清楚，这个《清史稿》有记载，《慈禧光绪病逝记实》也有记载，当慈禧安排溥仪进宫之时，她就知道光绪已经不可能复出了，因为她已经决定了痛下毒手。所以慈禧毒杀光绪，不可能是在神智昏乱情况下做出的，毒杀光绪，是她经过深思熟虑过的决定。
慈禧毒杀光绪，应该出自于以下理由：
身后不留仇敌
慈禧手段的毒辣，这个不需要浪费文字举证、说明，因为这个人人都相信。以慈禧狠毒霸道的心性，如果她确信光绪对自己十分仇视，那么仅这一条就足够让她在临死前动杀心了。而光绪恨不恨慈禧，几乎不需要思考就能回答。
慈禧发动政变，中止了光绪寄予厚望的维新变法，，并将光绪帝幽禁起来，这一幽禁就是十年，这十年，不论是在肉体上还是在精神上的折磨，对光绪都是刻骨难忘的，何况在这十年之中，慈禧并不是让他安安宁宁的在幽禁之处消磨时间，慈禧有的是折磨光绪的办法。送给光绪的饭菜多是发馊的，瀛台的窗户纸是烂的，连光绪盖的被子也破旧污脏。《述庵秘录》上说在光绪去世后，“有人见其病室中陈列极陋，睡—大床，安段北京泥土火炉，裱糊之壁纸破裂霉烂，盖下等百姓家所居也。”光绪还要时不时地被慈禧叫去训斥，尤其在慈禧看戏时，她要叫光绪坐在她的旁边，一边看着戏，慈禧一边拿戏上的人物指桑骂槐，说那个忤逆不孝，应该遭受怎样的折磨，如此等等。
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童年、少年时对光绪的严酷和不近人情，戊戌政变对光绪的幽禁，西狩前对珍妃的残害，回銮后仍将光绪羁押在瀛台。凡此种种，光绪怎能不恨她，光绪对她恨得深、恨得持久，恨得咬牙切齿永世难忘，这样才是正常的，而光绪不恨她，在她稍微示以宽松亲善，就把一切的深仇大恨都忘了，这才是不正常的。
不过光绪虽恨慈禧，以光绪磊落的个性，正派的为人，绝不会在慈禧死后对她进行污蔑侮辱，更不会剖棺戮尸，究竟他们自间还有那一层母子名分。但慈禧是个恶毒妇人，自然以她的心肠来衡量别人，她自己干过剖棺戮尸的恶行，怎能不提防别人也这样子来整自己呢。