同治帝的放浪形骸很快受到惩处，他有轻微的淋巴结肿大和下体红肿现象，可他不以为意，也羞于启齿，照样行为诡异地周旋于皇宫和花街柳巷，大约三周左右，病毒已经侵入他的五脏六腑。直到同治十三年(1874)十月二十一日，同治帝驾幸西苑时受凉，刚开始只是身体有些不适，一两天后病情加重，卧床不起，太医们全体出动，集体会诊，可大家各执一词，难有定论，由于病情恶化较快，御医们必须轮流值守，以备不时之需。十天后的一个午后，同治帝的病情突然加重，四肢无力，浑身酸软，发热头眩，皮肤上出现没有凸起的疹形红点。慈禧大惊失色，难道是天花?顺治帝因天花而英年早逝，康熙帝因得过天花而被选为皇嗣，大清朝对天花已经产生了强烈的恐慌心理。太医不敢言明，其实他们早已明白，这是比天花更可怕的病——梅毒。这种通过性传播的疾病根本没有治愈的可能，而且死相凄惨。慈禧下令施以治天花的药物，气急败坏的同治帝对着母亲吼道：“朕根本没得天花，你存心置朕于死地!”御医们满腹狐疑，却不敢多言，只是照慈禧之命行事。
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洋洋数千言的遗诏草稿拟好后，同治帝命李鸿藻回去好生润色，第二天拿出正式文本来见自己。
临终受遗命，李鸿藻明白这其中的分量，他也想念及师徒情深。他一宿未眠，反复掂量，权衡利弊，第二天一早还是将遗诏送到了慈禧手上。慈禧看完遗诏后，铁青着脸，立刻把遗诏扔到了火盆里，遗诏在火光中灰飞烟灭。
李鸿藻的一去不回，也让同治帝感到了事态不妙。慈禧对儿子只剩下恨，她下令断了同治的一切医药饮食，所有宫娥太监撤出乾清宫，没有她的命令不得出入。慈安也想干涉，只是早已有心无力，既然慈禧连自己的亲儿子都下了狠手，自己何必去趟这浑水。同治帝恨自己生在帝王家，他不敢想象慈禧会对皇后下什么狠手，可他只熬了一天，便怀着对皇后的无限担心驾崩了，时间为同治十三年(1874)十二月初五，离他过二十岁生日还有将近半年。
慈禧给了他生命，却又无情地摧残了他的生命。同治帝一死，慈禧就成了太皇太后，再也没有理由垂帘听政了，掌权的应该是阿鲁特氏。可如今的慈禧已不是十几年前的懿贵妃了，翻手为云、覆手为雨的伎俩，慈禧已练到了炉火纯青的地步，她不会允许皇权就这样离自己而去。