慈禧一直在临死前，脑子都十分清楚，这个《清史稿》有记载，《慈禧光绪病逝记实》也有记载，当慈禧安排溥仪进宫之时，她就知道光绪已经不可能复出了，因为她已经决定了痛下毒手。所以慈禧毒杀光绪，不可能是在神智昏乱情况下做出的，毒杀光绪，是她经过深思熟虑过的决定。
慈禧毒杀光绪，应该出自于以下理由：
(1)身后不留仇敌
慈禧手段的毒辣，这个不需要浪费文字举证、说明，因为这个人人都相信。以慈禧狠毒霸道的心性，如果她确信光绪对自己十分仇视，那么仅这一条就足够让她在临死前动杀心了。而光绪恨不恨慈禧，几乎不需要思考就能回答。
慈禧发动政变，中止了光绪寄予厚望的维新变法，并将光绪帝幽禁起来，这一幽禁就是十年，这十年，不论是在肉体上还是在精神上的折磨，对光绪都是刻骨难忘的，何况在这十年之中，慈禧并不是让他安安宁宁的在幽禁之处消磨时间，慈禧有的是折磨光绪的办法。送给光绪的饭菜多是发馊的，瀛台的窗户纸是烂的，连光绪盖的被子也破旧污脏。《述庵秘录》上说在光绪去世后，“有人见其病室中陈列极陋，睡—大床，安段北京泥土火炉，裱糊之壁纸破裂霉烂，盖下等百姓家所居也。”光绪还要时不时地被慈禧叫去训斥，尤其在慈禧看戏时，她要叫光绪坐在她的旁边，一边看着戏，慈禧一边拿戏上的人物指桑骂槐，说那个忤逆不孝，应该遭受怎样的折磨，如此等等。
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2)杀心早萌，杀机常在
戊戌政变之后，慈禧就明白，仅仅这个政变，光绪与她之间就没有了重新和好的可能，所以从那时起，慈禧就一直谋划着废黜光绪，这个计划因种种原因未能实施，慈禧只好先维持现状，之所以维持现状，是因为慈禧确信，只要自己活着，光绪就翻不过她的手心，所以她也不急，可以慢慢再想办法、再等机会。当庚子年八国联军进逼北京，清兵屡战屡败无力阻止洋兵，慈禧感觉走头无路，准备自杀时，她就决定不能让光绪活在世上。此事《景善日记》有记载，其内容如下：
七月十八日，洋人愈逼愈近。裕禄之兵在北仓杨村蔡村等地，大败三次，裕禄逃入一棺材店，继而自杀。李秉衡于十四日到河西，务用尽心力，以收集军队。而张春发、陈泽霖二人均不愿战，李遂仰药以死。荣禄入宫，报此消息于太后，君臣相对而泣，皆诸王公及拳匪所酿之祸，使吾国家至于此也。荣禄乃极聪明之人，自此并不表曝己之先见。老佛(即指慈禧)言：出走不如殉国，并令皇帝亦殉之。
再说袁世凯。不管是醇亲王府还是溥仪，一致认定仇人是袁世凯，但宫廷有定制，谁开的药，必须亲自尝。孙耀庭老先生说，这叫“猪替羊死”，是跑不了的流程。袁世凯想害光绪，基本上不可能。