康熙皇帝搞掉鳌拜集团，自操威柄之后，有三件事困扰着他，他自己说是“夙夜厪念”，哪三件呢?三藩、河务、漕运河务就是黄河治理，漕运就是运河的漕粮运输问题，此二者虽然在当时是棘手难题，但终究属于常规治理问题，假以时日，治理对路，还是可以解决的。但是，所谓三藩，则是大问题，是威胁大清王朝稳定的政治问题。康熙皇帝在少年时代，就知道“三藩势焰日炽，不可不撤!”更知道“三藩俱握兵柄，恐日久滋蔓，酿成不测，故决意撤回”。
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平西王吴三桂、平南王尚可喜、靖南王耿精忠，三位汉人藩王，为大清一统天下立下汗马功劳，满清朝廷也以列土封疆为酬劳，三人势力早已尾大不掉，三人地盘内，朝廷几乎无法染指。
三藩之中，吴三桂势力最大，占据云贵，兵多将广。
三藩，如同毒瘤，对于一心想要重建大一统绝对皇权的康熙帝而言!
康熙十二年(1673年)三月，平南王尚可喜上表朝廷，称自己已经老迈，想要回辽东老家养老，但是同时又提出一个要求，让自己的儿子尚之信继承王爵，留镇广东。
老爹走了，儿子继续当藩镇，这是皇帝难以接受的。康熙帝答应了尚可喜回老家，但是尚之信留镇广东则是不可以滴。康熙就是要撤掉平南王的藩封!吴三桂、耿精忠获悉后，于七月间分别上书请撤藩，吴、耿二人是在试探朝廷的意思，看看康熙敢不敢动他俩。吴三桂打出这张牌后，康熙帝召集廷臣商议，大多数的王公大臣都慑于三藩兵力，主张不要撤藩。八旗入关的雄风都哪里去了?看来北京城的纸醉金迷已经让八旗堕落了。满朝重臣，只有户部尚书米思翰、兵部尚书明珠、刑部尚书莫洛三人主张撤藩。
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康熙帝早就将三藩视为心腹大患，撤藩是他心中的既定方针，如果善于揣摩圣意，就应该说撤藩。但是，三藩在当时的实力确实吓人，如果真的激起吴三桂等人造反，大清能否打赢也是未可知之事!一味迎合圣意，似乎又有点拿国运拍马屁的意思。
当时，朝中首辅重臣索额图在这个问题上，选择了与皇帝对立的意见，他反对撤藩!
一心要成为千古一帝的康熙皇帝对群臣说：“三桂等蓄谋久，不早除之，将养痈成患。今日撤亦反，不撤亦反，不若先发!”
皇帝乾纲独断，下诏撤藩。果不出所料，康熙十二年十一月，吴三桂杀掉朝廷派出的云南巡抚朱国治，正式造反，祭出“反清复明”大旗。
吴三桂的兵马都是百战之师，起初所向披靡，清军节节败退。各地拥兵督抚也相继加入三藩阵营，大清真的药丸吗?
三藩之乱，举朝震动，人言汹汹，“诸臣中有一闻变，便遣妻子回原籍者“，也就是说满洲贵族对打赢根本毫无信心，甚至有人提出将中原还给汉人，让给吴三桂，咱们退回辽东吧。
首辅索额图，更是怒不可遏，他觉得就是那几个主张撤藩的人蛊惑皇上，才酿成激变!
索额图上疏，请诛倡言诸臣，以谢三桂。如果索额图的建议得到采纳，明珠等三位就要成为晁错了，当年汉初七国之乱，景帝就是先服软，杀了晁错。康熙帝不是汉景帝，他要做独裁者，就必须在艰难情况下坚持己见!康熙雷霆一怒，对群臣说：欲迁徙吴三桂者朕之意也，他人何涉?据说，”索额图甚惧而退。“这是《康熙起居注》里记载的。此时，在康熙眼中，索额图固然还是可以倚重的重臣，但是见识上就明显不行了，是个没有政治远见的人。毋论其他，他的前途也就堪忧了!
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满清打败吴三桂也着实费力，历经八年，康熙二十年，才勘定大乱!康熙帝回顾往事，曾经说过：
吴逆倡乱，有谓撤藩所致，请诛建议之人者，朕若从之，皆含冤泉壤矣”。
在撤藩问题上，索额图与皇帝唱了反调，这不能不使得自己在政坛的积分受到影响。不过，从表面上看，皇帝还是很信赖索相。康熙偶感风寒，不能御门听政时，命“启奏本章俱送大学士索额图等”。
这是因为索额图还有用!
朱言曰：专制皇权政治下，臣子之政治生命，乃至生理生命皆操于帝王之手!索额图一时人杰，但由于未能时时处处揣摩圣意，故而埋下祸根!等待他的将是万丈深渊!