崇祯十七年(1644年)三月，李自成攻克北京，四月二十一日，李自成亲自统率农民军主力十万人(另一种说法是六万人)在一片石一役中被吴三桂与清军合兵击败，四月二十九日，李自成匆忙在北京称帝后于次日率部向西安撤退，随着清军的步步紧逼和大顺军的节节败退，李自成先后弃西安、太原，之后又在湖北阳新、江西九江接连被清军大败，最后在败退到湖北通城九宫山时被当地民军杀死。
网络配图
李自敬失踪后大顺军余部在李过的义子李来亨的率领下坚持抗清，李来亨召集所部数万人，经过多次血战，率领部众自贵州进入川、鄂边境，同先期到达的郝摇旗等部会师，并联合当地其他反清武装，组成了夔东十三家联军。最后湖北省兴山县的茅麓山上的密林深处，建立起抗清根据地。永历十七年(1663年)郝摇旗在进攻四川巫山时被清军俘杀，1664年(康熙三年)清廷集中川、楚、秦三省清军和满洲八旗十万大军在靖西将军穆里玛的指挥下，围攻茅麓山。8月4日，寨内弹尽粮绝，李来亨与妻、子等家人扑向熊熊烈火，全家自杀而死。至此，以原大顺军余部为主体的夔东抗清斗争在坚持了二十年之久后，以失败告终。