建文元年(1399年)七月，燕王朱棣在姚广孝等人游说下以“清君侧”为名举兵起事，从而拉开了长达4年的叔侄战争，史称“靖难之役”。
建文四年(1402年)六月，燕军渡过长江，呈现势如破竹之势，一直打到南京城下。叔叔已经打到朝廷了，建文帝该怎么办，是逃还是降?在《太宗实录》中记载，燕王进入金川门后，建文帝本想出来迎接燕王，却觉得很羞愧，说道：“我何面目相见耶!”于是他选择了与皇后一起闭宫自焚。
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除此之外，还有泛舟海外说、隐居四川说等。
历史留下的悬疑使我们有很大的想象空间。《明史》中记载，郑和下西洋除“耀兵异域”外，另一个目的就是奉朱棣之命，在海外秘密寻找建文帝下落。看来，朱棣对于民间的传说还是半信半疑的，他自己也不敢轻视，也许他的一生都要生活在这个阴影下。