关于皇太极的死因，学术界观点不一，但根据原始史料的记载，目前有两种说法：
1、无疾而终说
清朝官方文献记载，皇太极是在晚间无疾而终。顺治年间编纂的《太宗实录》记载，皇太极去世当天如往常一样，白天忙于处理政务，休息之前还在崇政殿召见了科尔沁蒙古王妃与固伦公主，赐予了她们从明朝掠夺来的缎匹财物。最后，皇太极回到清宁宫就寝。在这期间，他并未有过异常表现。但他的生命却在这个夜晚走到了尽头。“是夜亥刻，上无疾，端坐而崩，上在位十有七年，寿五十有二。”后来的《清史稿》也沿用了这一说法，可以说这是清廷的官方说法。
2、因“痰疾”而终
关于清太宗的死因，当时还有一种不同的说法存在。我们可以在明朝遗民管葛山人(据传为彭孙贻)的《山中闻见录》中可以看到。在其前六卷“女直”中，有这样一段记载：“八年辛未初十，清太宗以痰疾殂于沈阳。”相比清廷史官，作为明朝遗民的彭孙贻不会忌讳什么，因此他的记载有可能更加客观。
皇太极的“既往病史”
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综上所述，皇太极的身体状况并不理想。虽然他自幼随父从军，征战四方，体魄十分强健。被推举上皇位也正是凭借自身的赫赫战功，可谓“马上皇帝”。但是，皇太极出身关外，女真人从事渔猎，主要食物以肉食为主。这使得皇太极的身材虽然健硕但也有些肥胖，这点在他中年以后愈发严重。他的画像、遗留的盔甲、《李朝实录》都对这点有所表现。这就导致皇太极患上高血压的风险大大提高。而崇德四年左右，皇太极就已经出现了高血压的症状，因此多次向朝鲜索取药材。